R BiocManager 사용 방법 정리

BiocManager 를 사용 하는 방법에 대하여 정리 합니다.

우선 wget 명령을 이용하여 "https://cran.r-project.org" 사이트에서 소스를 다운 받고,

R CMD INSTALL "패키지" 의 방법으로 BiocManager 를 설치합니다.

$ wget https://cran.r-project.org/src/contrib/BiocManager_1.30.10.tar.gz $ R CMD INSTALL BiocManager_1.30.10.tar.gz

(1) 설치 된 BiocManager 버전 확인

$ R > BiocManager::version() [1] ‘3.10’ >

(2) 사용할 수 있는 패키지 목록 조회

- BiocManager::available("패키지명")

- 아래는 "BSgenome.Hsapiens" 패키지 목록을 조회한 예제 입니다.

> BiocManager::available("BSgenome.Hsapiens")  [1] "BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5"  [2] "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"         [3] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17"           [4] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17.masked"    [5] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18"           [6] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked"    [7] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19"           [8] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked"    [9] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"          [10] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked"   >

(3) 패키지 명 으로 설치 하는 방법

> BiocManager::install("stringr")

(4) 패키지의 버전을 지정해서 설치하는 방법

> BiocManager::install("stringr", version = "3.8")

- 참고 : https://cran.r-project.org/web/packages/BiocManager/vignettes/BiocManager.html