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2020. 1. 21. 10:51 나의일 관련/Linux

R BiocManager 사용 방법 정리

BiocManager 를 사용 하는 방법에 대하여 정리 합니다.

우선 wget 명령을 이용하여 "https://cran.r-project.org" 사이트에서 소스를 다운 받고,

R CMD INSTALL "패키지" 의 방법으로 BiocManager 를 설치합니다.

$ wget https://cran.r-project.org/src/contrib/BiocManager_1.30.10.tar.gz

$ R CMD INSTALL BiocManager_1.30.10.tar.gz

(1) 설치 된 BiocManager 버전 확인

$ R

> BiocManager::version()

[1] ‘3.10’

>

(2) 사용할 수 있는 패키지 목록 조회

- BiocManager::available("패키지명")

- 아래는 "BSgenome.Hsapiens" 패키지 목록을 조회한 예제 입니다.

> BiocManager::available("BSgenome.Hsapiens")

[1] "BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5"

[2] "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38"

[3] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17"

[4] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17.masked"

[5] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18"

[6] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked"

[7] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19"

[8] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked"

[9] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"

[10] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked"

>

(3) 패키지 명 으로 설치 하는 방법

> BiocManager::install("stringr")

(4) 패키지의 버전을 지정해서 설치하는 방법

> BiocManager::install("stringr", version = "3.8")

- 참고 : https://cran.r-project.org/web/packages/BiocManager/vignettes/BiocManager.html

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Posted by 천연사이다

2019. 12. 16. 11:19 나의일 관련/Linux

CentOS 7.5 grub2 수정

CentOS 7.x 에서 변경 된 grub2 를 이용하여 kernel 을 변경 선택 하는 경우

- 기본 값 확인

# grub2-editenv list

saved_entry=CentOS Linux (3.10.0-862.3.2.el7.x86_64) 7 (Core)

- 목록 확인

# grep "^menuentry" /etc/grub2-efi.cfg | cut -d "'" -f2

CentOS Linux (3.10.0-862.3.2.el7.x86_64) 7 (Core)

CentOS Linux (3.10.0-514.21.1.el7.x86_64) 7 (Core)

CentOS Linux (3.10.0-514.el7.x86_64) 7 (Core)

CentOS Linux (0-rescue-8cf0ebceb29e4fa288cfb6ee83955866) 7 (Core)

- "CentOS Linux (3.10.0-514.21.1.el7.x86_64) 7 (Core)" 로 변경 하는 경우

# grub2-set-default "CentOS Linux (3.10.0-514.21.1.el7.x86_64) 7 (Core)"

- 변경 이후 기본 값 확인

# grub2-editenv list

saved_entry=CentOS Linux (3.10.0-514.21.1.el7.x86_64) 7 (Core)

시스템 재 시작 후 "uname -a" 으로 변경이 정상적으로 진행 되었는지 확인한다.

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Posted by 천연사이다

2019. 12. 9. 13:23 나의일 관련/Linux

QT-4.8.6 빌드 오류 해결 내용 정리

OS : CentOS 8

[오류 내용]

error: ‘std::tr1’ has not been declared

[해결 방법]

# vi mkspecs/common/gcc-base.conf

- 변경 전 : QMAKE_CXXFLAGS += $$QMAKE_CFLAGS

- 변경 후 : QMAKE_CXXFLAGS += $$QMAKE_CFLAGS -std=gnu++98

자세한 설명은 아래 참고 사이트에 작성되어 있습니다.

- 참고 : https://stackoverflow.com/questions/52061472/installing-qt-from-source-v-4-8-6

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Posted by 천연사이다

2019. 12. 2. 11:33 나의일 관련/Linux

binutils 관련 오류 기록

binutils 버전을 2.25 이상으로 설치 후 진행 하면 해결 된다.

[오류내용]

/tmp/ccJ9KaJq.s: Assembler messages:

/tmp/ccJ9KaJq.s:1207: Error: no such instruction: `shlx %rdi,(%r15),%rax'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1377: Error: no such instruction: `shlx %r12,(%r15),%rax'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1399: Error: no such instruction: `shlx %edx,%edi,%edx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1410: Error: no such instruction: `shrx %rdx,%rbx,%rbx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1430: Error: no such instruction: `shlx %rax,%rdx,%rdx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1451: Error: no such instruction: `shlx %r12,(%r15),%rcx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1467: Error: no such instruction: `shrx %rdx,%rbx,%rcx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1469: Error: no such instruction: `shlx %edx,%edi,%edx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1490: Error: no such instruction: `shlx %r11d,%ebx,%r11d'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1501: Error: no such instruction: `shrx %r11,%rcx,%rcx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1504: Error: no such instruction: `shrx %rdx,%rcx,%rbx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1506: Error: no such instruction: `shlx %edx,%r11d,%edx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1695: Error: no such instruction: `shlx %r12,(%r15),%rax'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1715: Error: no such instruction: `shrx %rcx,%rbx,%rbx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1798: Error: no such instruction: `shlx %r9,(%r15),%rdx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1836: Error: no such instruction: `shlx %rax,%rcx,%rcx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1874: Error: no such instruction: `shlx %rcx,%rsi,%rsi'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1894: Error: no such instruction: `shlx %rax,%rdx,%rdx'

/tmp/ccJ9KaJq.s:1923: Error: no such instruction: `shlx %r9,%rdx,%rdx'

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Posted by 천연사이다

2019. 11. 14. 11:26 나의일 관련/Linux

nmon gpu 수정 버전

nmon(http://nmon.sourceforge.net) 소스 코드 lmon16k 버전은 GPU가 4개만 출력되어 일부 수정하여 8개의 GPU 가 출력되도록 수정 하였다.

아래 코드들 출처는 http://nmon.sourceforge.net 이다.

makefile

CFLAGS=-g -O3 -Wall

LDFLAGS=-lncurses -lm -lnvidia-ml

FILE=lmon_sylee.c

nmon_sylee: $(FILE)

gcc -o nmon_sylee $(FILE) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -D X86 -D RHEL7 -D NVIDIA_GPU

※ 마지막 줄은 tab 공백

lmon_sylee.c

makefile

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Posted by 천연사이다

2019. 11. 6. 15:51 나의일 관련/Linux

medaka 와 기타 패키지 설치 기록

https://github.com/nanoporetech/medaka

medaka-0.10.0 버전은 아래 패키지들이 필요하다.

[의존 패키지 목록]

biopython

cffi

h5py==2.7.1

intervaltree

tensorflow==1.14.0

numpy==1.16.1

mappy

parasail

pysam==0.15.2

whatshap==0.18

tensorflow 로 설치 하는 경우와 tensorflow_gpu 로 설치하는 경우에 따라 다르게 동작한다.

쉽게 conda 를 이용하여 CPU 버전과 GPU 버전을 설치 했다.

[CPU 버전 설치 방법]

# conda create -n medaka_cpu

# source activate medaka_cpu

# conda install -c bioconda medaka

# conda install -c bioconda racon canu wtdbg

[GPU 버전 설치 방법]

# conda create -n medaka_gpu

# source activate medaka_gpu

# conda install -c anaconda -c bioconda -c bioconda-legacy biopython mappy \

parasail-python intervaltree cffi h5py==2.7.1 tensorflow-gpu==1.14.0 \

numpy==1.16.1 pysam==0.15.2 whatshap==0.18 cudatoolkit=9.2

# conda install -c bioconda medaka racon canu wtdbg

[테스트 방법]

- 예제 : https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/ont-research/medaka_walkthrough_no_reads.tar.gz

# tar -xzf medaka_walkthrough_no_reads.tar.gz

# cd data

# medaka_consensus -d draft_assm.fa -i basecalls.fa -t 8 -b 100

* RTX series GPU 사용의 경우 " export TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH=true" 설정 필요하다.

[nvidia-smi 명령으로 GPU 사용 상태를 조회]

Thu Oct 31 11:10:12 2019

+-----------------------------------------------------------------------------+

| NVIDIA-SMI 418.88 Driver Version: 418.88 CUDA Version: 10.1 |

|-------------------------------+----------------------+----------------------+

| GPU Name Persistence-M| Bus-Id Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |

| Fan Temp Perf Pwr:Usage/Cap| Memory-Usage | GPU-Util Compute M. |

|===============================+=====================|

| 0 GeForce GTX 108... Off | 00000000:04:00.0 Off | N/A |

| 23% 34C P2 73W / 250W | 10897MiB / 11178MiB | 0% Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

| 1 GeForce GTX 108... Off | 00000000:06:00.0 Off | N/A |

| 23% 34C P2 56W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

| 2 GeForce GTX 108... Off | 00000000:07:00.0 Off | N/A |

| 23% 30C P2 56W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

| 3 GeForce GTX 108... Off | 00000000:08:00.0 Off | N/A |

| 23% 34C P2 56W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

| 4 GeForce GTX 108... Off | 00000000:0C:00.0 Off | N/A |

| 23% 31C P2 55W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

| 5 GeForce GTX 108... Off | 00000000:0D:00.0 Off | N/A |

| 23% 27C P2 55W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

| 6 GeForce GTX 108... Off | 00000000:0E:00.0 Off | N/A |

| 23% 28C P2 55W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

| 7 GeForce GTX 108... Off | 00000000:0F:00.0 Off | N/A |

| 23% 31C P2 56W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

+-----------------------------------------------------------------------------+

| Processes: GPU Memory |

| GPU PID Type Process name Usage |

|===============================+=====================|

| 0 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 10887MiB |

| 1 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB |

| 2 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB |

| 3 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB |

| 4 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB |

| 5 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB |

| 6 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB |

| 7 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB |

+-----------------------------------------------------------------------------+

GPU 버전 패키지 추가 설치

$ conda install "cython>=0.25.2" "ont-fast5-api==1.2.0" \

"matplotlib>=2.0.0" "pep8==1.7.0" "autopep8==1.2.4" \

"ipython==6.1.0" "pytest==3.1.2" \

"parameterized==0.6.1" "pytest-xdist==1.15.0"

$ conda install salmon

$ git clone https://github.com/nanoporetech/taiyaki.git

$ cd taiyaki

$ python setup.py build

$ python setup.py install

$ conda install -c bioconda bwapy

$ conda install -c bioconda pychopper

$ conda install -c bioconda pomoxis

$ git clone https://github.com/snakemake/snakemake.git

$ cd snakemake

$ python setup.py build

$ python setup.py install

$ conda install -c bioconda ont-tombo

$ conda install -c bioconda qcat

$ conda install -c bioconda wub

$ conda install -c bioconda gtfparse

$ conda install -c bioconda fastqc

$ git clone https://github.com/nanoporetech/megalodon.git

$ cd megalodon

$ python setup.py build

$ python setup.py install

$ conda install -c bioconda mako

$ conda install -c bioconda drmaa gpustat

$ git clone https://github.com/nanoporetech/katuali.git

$ cd katuali

$ python setup.py build

$ python setup.py install

$ pip install ont-h5-validator

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Posted by 천연사이다

2019. 10. 31. 13:33 나의일 관련/Linux

anydesk 간단 설치 및 설정

https://anydesk.com/en/downloads/linux 사이트에서

"RedHat Enterprise Linux 7(64Bit)" 선택 후 다운 받는다.

[설치 방법]

# yum localinstall anydesk-5.1.2-1.el7.x86_64.rpm

# systemctl start anydesk.service

# systemctl enable anydesk.service

[ID 값 조회]

# anydesk --get-id

[비밀번호 설정]

- 비밀번호를 "iloveyou" 로 설정하는 경우

# echo iloveyou | anydesk --set-password

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Posted by 천연사이다

2019. 10. 17. 15:36 나의일 관련/Linux

[Perl 오류] "all" is not exported by the List::Util module

Perl 사용 시 ""all" is not exported by the List::Util module" 오류가 발생 할 경우는 "List::Util" Perl module 상위 버전을 설치해서 사용 한다.

[설치 과정]

$ wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/P/PE/PEVANS/Scalar-List-Utils-1.52.tar.gz

$ tar xzf Scalar-List-Utils-1.52.tar.gz
$ cd Scalar-List-Utils-1.52
$ perl Makefile.PL PREFIX=${HOME}/perl/5.10.1
$ make
$ make install

[사용을 위한 환경설정]

아래 내용을 .bashrc 와 같은 환경설정 파일에 내용을 추가 한다.

$ export PERL5LIB=${HOME}/perl/5.10.1/lib64/perl5:${PERL5LIB}

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Posted by 천연사이다

2019. 5. 31. 15:44 나의일 관련/Linux

python 3 "NameError: name 'file' is not defined "

- 오류 내용 : NameError: name 'file' is not defined
- 오류 원인 및 해결 방법 :
   python 2.x 버전에서 사용하던 file() 은 삭제 되었습니다.
   Python 3 버전에서는 file() 대신 open(filename, mode)을 사용하세요.
- 참고 : https://docs.python.org/release/3.0/whatsnew/3.0.html#builtins
       https://docs.python.org/release/3.0/library/functions.html#open

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Posted by 천연사이다

2019. 1. 22. 22:17 나의일 관련/Linux

MAC XQuartz GLX 오류 해결 기록

MAC XQuartz 를 이용하여 OpenGL 라이브러리 사용 시 오류가 발생하면

터미널을 열어서 [해결방법]을 실행 후 다시 ssh 연결

[해결 방법]

$ defaults write org.macosforge.xquartz.X11 enable_iglx -bool true

[오류 내용]

Gdk-ERROR **: The program '<PROGRAM>' received an X Window System error.

This probably reflects a bug in the program.

The error was '<SOME_ERROR>'.

(Details: serial <AA> error_code <B> request_code <CC> minor_code <D>)

(Note to programmers: normally, X errors are reported asynchronously;

that is, you will receive the error a while after causing it.

To debug your program, run it with the --sync command line

option to change this behavior. You can then get a meaningful

backtrace from your debugger if you break on the gdk_x_error() function.)

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Posted by 천연사이다

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