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2020. 1. 28. 14:47 나의일 관련/클러스터관리툴

PBS Pro 사용 방법 정리(작성중)

1. 작업 제출 스크립트 작성

#!/bin/sh

#PBS -V

#PBS -q workq

#PBS -N openmp_job

#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=1:ompthreads=10

#PBS -l walltime=04:00:00

cd $PBS_O_WORKDIR

./a.out

- 파란색 부분을 적절히 수정해서 사용 합니다.

- 위 예제에서 붉은색 부분은 작업 제출 경로로 이동하게 하는 예제로 삭제하지 않고 사용 해야 실행 오류가 발생 하지 않습니다.

2. 작업 제출 방법

- "qsub {스크립트 명}" 으로 작업을 제출할 수 있습니다.

- 예제 : 스크립트 파일 이름이 openmp.sh 인 경우

$ qsub openmp.sh

3. 작업 조회

- qstat 명령으로 수행중인 작업과 종료된 작업을 조회

- -x 옵션을 사용할 경우 기존 작업 목록 조회

$ qstat -x

Job id Name User Time Use S Queue

---------------- ---------------- ---------------- -------- - -----

0.mgmt STDIN applic 00:00:00 F workq

1.mgmt STDIN applic 00:00:00 F workq

2.mgmt STDIN applic 00:00:00 F workq

3.mgmt STDIN applic 00:00:00 F workq

4. 인터렉티브 작업 제출

- qsub 명령 뒤에 "-I(대문자 아이)" 옵션을 사용합니다.

- 자원 사용에 대한 설정은 "-l(소문자엘)"로 지정합니다.

$ qsub -I -V -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=1:ompthreads=10 -l walltime=01:00:00

5. 작업 삭제

- "qdel {작업ID}" 로 제출된 작업을 삭제할 수 있습니다.

- 작업ID는 qstat 명령으로 조회 되는 "Job id" 항목의 값 입니다.

- 예제 : 작업ID 가 3.mgmt 인 경우

$ qdel 3.mgmt

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Posted by 천연사이다

2018. 2. 1. 17:17 나의일 관련/Linux

OpenFOAM 4.1 설치 기록

OpenFOAM 4.1 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

1. 설치 환경

구분

내용

OS

RHEL 5.3

기타

intel-2015 컴파일러 사용

mvapich2-2.1 MPI 사용

python-2.7.12 사용.

2. 환경 설정 방법

[ 환경 설정 ]

$ export PATH=/applic/compilers/gcc/4.9.3/bin:/applic/common/utils/bin:PATH

$ export LD_LIBRARY_PATH=/applic/compilers/gcc/4.9.3/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

$ module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1 applic/python-2.7.12

$ export PATH=$PATH:/applic/wa/QT/4.7.3/bin

$ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/applic/wa/QT/4.7.3/lib

3. 설치

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.

- 참고 : http://openfoamwiki.net/index.php/Installation/Linux/OpenFOAM-4.1/CentOS_SL_RHEL

설치과정

$ mkdir OpenFOAM

$ cd OpenFOAM

$ sed -i -e 's/$boost_version=$boost-system/\1boost_1_55_0/' OpenFOAM-4.1/etc/config.sh/CGAL

$ sed -i -e 's/$cgal_version=$cgal-system/\1CGAL-4.8/' OpenFOAM-4.1/etc/config.sh/CGAL

$ vi OpenFOAM-4.1/etc/bashrc

- - - (1) 수정 사항 참고 - - -

$ export MPI_ROOT=/applic/compilers/intel/2015/mpi/mvapich2/2.1

$ export MPI_ARCH_FLAGS="-DMPICH_SKIP_MPICXX"

$ export MPI_ARCH_INC="-isystem $MPI_ROOT/include"

$ export MPI_ARCH_LIBS="-L$MPI_ROOT/lib -lmpi"

$ vi OpenFOAM-4.1/applications/utilities/mesh/manipulation/setSet/Allwmake

- - - (2) 수정 사항 참고 - - -

$ vi OpenFOAM-4.1/etc/config.sh/settings

- - - (3) 수정 사항 참고 - - -

$ cd $WM_THIRD_PARTY_DIR

$ tar xvjf gmp-6.1.0.tar.bz2

$ cd gmp-6.1.0

$ ./configure --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/gmp-6.1.0 \

--enable-cxx CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O3 -fPIC" CXXFLAGS="-O3 -fPIC"

$ make

$ make install

$ cd ..

$ tar xvzf mpfr-3.1.3.tar.gz

$ cd mpfr-3.1.3

$ ./configure --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/mpfr-3.1.3 \

CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O3 -fPIC" CXXFLAGS="-O3 -fPIC" --disable-thread-safe \

--with-gmp=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/gmp-6.1.0

$ make

$ make install

$ cd ..

$ tar xvzf boost_1_55_0.tar.gz

$ cd boost_1_55_0

$ ./bootstrap.sh --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/boost_1_55_0

$ ./b2 install --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/boost_1_55_0

$ cd ..

$ ./makeCGAL gmp-6.1.0 mpfr-3.1.3 >& log.makeCFAL

$ wmRefresh

$ cd $WM_PROJECT_DIR

$ ./Allwmake -j 4 >& log.make

(1) OpenFOAM-4.1/etc/bashrc 파일 수정

예제 설치 경로는 "/scratch2/sunlsy/install_test/tachyon2" 이다.

설치 환경에 맞게 수정

[변경 전]

[ $BASH_SOURCE ] && \

export FOAM_INST_DIR=$(cd ${BASH_SOURCE%/*/*/*} && pwd -P) || \

export FOAM_INST_DIR=$HOME/$WM_PROJECT

export WM_COMPILER=Gcc

export WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI

[변경 후]

export FOAM_INST_DIR=/scratch2/sunlsy/install_test/tachyon2/$WM_PROJECT

export WM_COMPILER=Icc

export WM_MPLIB=SYSTEMMPI

(2) OpenFOAM-4.1/applications/utilities/mesh/manipulation/setSet/Allwmake 파일 수정

[변경 전]

export LINK_FLAGS="-lreadline"

[변경 후]

export LINK_FLAGS="-lreadline -lcurses"

(3) OpenFOAM-4.1/etc/config.sh/settings 파일 수정

[변경 전]

64)

WM_ARCH=linux64

export WM_COMPILER_LIB_ARCH=64

export WM_CC='gcc'

export WM_CXX='g++'

export WM_CFLAGS='-m64 -fPIC'

export WM_CXXFLAGS='-m64 -fPIC -std=c++0x'

export WM_LDFLAGS='-m64'

[변경 후]

64)

WM_ARCH=linux64

export WM_COMPILER_LIB_ARCH=64

export WM_CC='icc'

export WM_CXX='icpc'

export WM_CFLAGS='-O3 -m64 -fPIC'

export WM_CXXFLAGS='-O3 -m64 -fPIC -std=c++0x'

export WM_LDFLAGS='-m64'

4. 동작 확인

$ mkdir -p $FOAM_RUN

$ run

$ cp -r $FOAM_TUTORIALS/incompressible/simpleFoam/pitzDaily ./

$ cd pitzDaily

$ blockMesh

$ simpleFoam

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Posted by 천연사이다

2017. 11. 13. 14:33 나의일 관련/Linux

OpenFOAM 3.0.0 설치 기록

OpenFOAM 3.0.0 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

1. 설치 환경

구분

내용

OS

RHEL 5.3

기타

intel-2015 컴파일러 사용

openmpi-2.1.1 MPI 사용

python-2.7.12 사용.

2. 환경 설정 방법

[ 환경 설정 ]

$ module load compiler/intel-2015 mpi/openmpi-2.1.1 applic/python-2.7.12

3. 설치

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.

- 참고 : https://proteusmaster.urcf.drexel.edu/urcfwiki/index.php/Compiling_OpenFOAM

설치과정

$ mkdir OpenFOAM

$ cd OpenFOAM

$ tar xvf OpenFOAM-3.0.0.tgz

$ tar xvf ThirdParty-3.0.0.tgz

$ export WM_CC=icc

$ export WM_CXX=icpc

$ export WM_CFLAGS="-m64 -fPIC -O3 -fopenmp"

$ export WM_COMPILER_ARCH=IccDPInt32Opt

$ export WM_NCOMPPROCS=8

$ cd OpenFOAM-3.0.0

$ vi etc/bashrc

- - - 수정은 아래 (1) 참조 - - -

$ vi etc/config/CGAL.sh

- - - 수정은 아래 (2) 참조 - - -

$ source etc/bashrc

$ vi $WM_DIR/rules/linux64Icc/cOpt

$ vi $WM_DIR/rules/linux64Icc/c++Opt

$ cd $WM_DIR

$ ./makeWmake

$ cd $WM_THIRD_PARTY_DIR

$

$ tar xvjf gmp-6.1.0.tar.bz2 # GMP-6.1.0 버전 설치

cd gmp-6.1.0

$ ./configure --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/gmp-6.1.0 \

--enable-cxx CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O3 -fPIC" CXXFLAGS="-O3 -fPIC"

$ make

$ make install

$

$ tar xvzf mpfr-3.1.3.tar.gz # MPFR-3.1.3 버전 설치

$ cd mpfr-3.1.3

$ ./configure --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/mpfr-3.1.3 \

CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O3 -fPIC" CXXFLAGS="-O3 -fPIC" --disable-thread-safe \

--with-gmp=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/gmp-6.1.0

$ make

$ make install

$

$ tar xvzf boost_1_61_0.tar.gz #BOOST-1.61.0 버전 설치

$ cd boost_1_61_0

$ ./bootstrap.sh --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/boost_1_61_0

$ ./b2 install --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/boost_1_61_0

$ export WM_COMPILER_ARCH=Icc

$

$ vi makeCGAL

- - - 수정은 아래 (3) 참조 - - -

$ vi ${WM_THIRD_PARTY_DIR}/etc/wmakeFiles/scotch/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib-OpenFOAM-64Int32

- - - 수정은 아래 (4) 참조 - - -

$ ./makeCGAL boost_1_61_0 gmp-6.1.0 mpfr-3.1.3

$ export SCOTCH_VERSION=6

$ ./Allwmake

$ cd $WM_PROJECT_DIR

$ ./Allwmake

(1) etc/bashrc 파일 수정

intel 컴파일러에 맞게 수정

[변경 전]

foamInstall=$HOME/$WM_PROJECT

export WM_COMPILER=Gcc

[변경 후]

foamInstall=$USER/applications/$WM_PROJECT

export WM_COMPILER=Icc

(2) etc/config/CGAL.sh 파일 수정

[변경 전]

boost_version=boost-system

[변경 후]

boost_version=boost_1_61_0

(3) makeCGAL 파일 수정

패키지들 버전에 맞게 수정

cgalPACKAGE=CGAL-4.7

boostPACKAGE=boost_1_61_0

gmpPACKAGE=gmp-6.1.0

mpfrPACKAGE=mpfr-3.1.3

(4) Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib-OpenFOAM-64Int32 파일 수정

intel 컴파일러 환경으로 수정

[변경 전]

AR = gcc

CCS = gcc

[변경 후]

AR = icc

CCS = icc

4. 사용 환경 설정

$ module load compiler/intel-2015 mpi/openmpi-2.1.1

$ source /applic/applications/OpenFOAM/OpenFOAM-3.0.0/etc/bashrc

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Posted by 천연사이다

2017. 3. 23. 17:40 나의일 관련/Linux

Tachyon2 시스템에 NAMD 2.12 설치 테스트

1. intel-2015 컴파일러 mvapich2-2.1 조합

module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1

tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz

cd NAMD_2.12_Source

tar xvf charm-6.7.1.tar

cd charm-6.7.1

./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production

cd ..

vi arch/Linux-x86_64-icc.arch

###########################

- 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX

- 변경 후 : FLOATOPTS = -ip

###########################

./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \

--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \

--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \

--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2015/mkl

cd Linux-x86_64-icc

make

2. intel-2013 컴파일러 mvapich2-2.0 조합

module load compiler/intel-2013 mpi/mvapich2-2.0

tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz

cd NAMD_2.12_Source

tar xvf charm-6.7.1.tar

cd charm-6.7.1

./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production

cd ..

vi arch/Linux-x86_64-icc.arch

###########################

- 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX

- 변경 후 : FLOATOPTS = -ip

###########################

./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \

--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \

--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \

--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2013/mkl

cd Linux-x86_64-icc

make

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Posted by 천연사이다

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