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2018. 2. 1. 17:29 나의일 관련/Linux

mpich 또는 mvapich2 사용 시 오류

[오류 내용]

error: more than one instance of overloaded function "MPI::Init_thread" has "C" linkage

[해결 방법]

"-DMPICH_SKIP_MPICXX" 를 포함 시켜서 컴파일

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OpenFOAM 3.0.0 설치 기록 (0)	2017.11.13

Posted by 천연사이다

2018. 2. 1. 17:27 나의일 관련/Linux

오류내용 : undefined reference to `tgetstr'

[오류 내용]

/usr/lib/../lib64/libreadline.so: undefined reference to `tgetstr'

/usr/lib/../lib64/libreadline.so: undefined reference to `tputs'

/usr/lib/../lib64/libreadline.so: undefined reference to `BC'

/usr/lib/../lib64/libreadline.so: undefined reference to `tgetent'

/usr/lib/../lib64/libreadline.so: undefined reference to `tgetflag'

/usr/lib/../lib64/libreadline.so: undefined reference to `tgoto'

/usr/lib/../lib64/libreadline.so: undefined reference to `UP'

/usr/lib/../lib64/libreadline.so: undefined reference to `tgetnum'

/usr/lib/../lib64/libreadline.so: undefined reference to `PC'

[해결 방법]

컴파일 시 "-lreadline" 를 "-lreadline -lcurses" 로 변경해서 사용

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Posted by 천연사이다

2018. 2. 1. 17:17 나의일 관련/Linux

OpenFOAM 4.1 설치 기록

OpenFOAM 4.1 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

1. 설치 환경

구분

내용

OS

RHEL 5.3

기타

intel-2015 컴파일러 사용

mvapich2-2.1 MPI 사용

python-2.7.12 사용.

2. 환경 설정 방법

[ 환경 설정 ]

$ export PATH=/applic/compilers/gcc/4.9.3/bin:/applic/common/utils/bin:PATH

$ export LD_LIBRARY_PATH=/applic/compilers/gcc/4.9.3/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

$ module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1 applic/python-2.7.12

$ export PATH=$PATH:/applic/wa/QT/4.7.3/bin

$ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/applic/wa/QT/4.7.3/lib

3. 설치

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.

- 참고 : http://openfoamwiki.net/index.php/Installation/Linux/OpenFOAM-4.1/CentOS_SL_RHEL

설치과정

$ mkdir OpenFOAM

$ cd OpenFOAM

$ sed -i -e 's/$boost_version=$boost-system/\1boost_1_55_0/' OpenFOAM-4.1/etc/config.sh/CGAL

$ sed -i -e 's/$cgal_version=$cgal-system/\1CGAL-4.8/' OpenFOAM-4.1/etc/config.sh/CGAL

$ vi OpenFOAM-4.1/etc/bashrc

- - - (1) 수정 사항 참고 - - -

$ export MPI_ROOT=/applic/compilers/intel/2015/mpi/mvapich2/2.1

$ export MPI_ARCH_FLAGS="-DMPICH_SKIP_MPICXX"

$ export MPI_ARCH_INC="-isystem $MPI_ROOT/include"

$ export MPI_ARCH_LIBS="-L$MPI_ROOT/lib -lmpi"

$ vi OpenFOAM-4.1/applications/utilities/mesh/manipulation/setSet/Allwmake

- - - (2) 수정 사항 참고 - - -

$ vi OpenFOAM-4.1/etc/config.sh/settings

- - - (3) 수정 사항 참고 - - -

$ cd $WM_THIRD_PARTY_DIR

$ tar xvjf gmp-6.1.0.tar.bz2

$ cd gmp-6.1.0

$ ./configure --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/gmp-6.1.0 \

--enable-cxx CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O3 -fPIC" CXXFLAGS="-O3 -fPIC"

$ make

$ make install

$ cd ..

$ tar xvzf mpfr-3.1.3.tar.gz

$ cd mpfr-3.1.3

$ ./configure --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/mpfr-3.1.3 \

CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O3 -fPIC" CXXFLAGS="-O3 -fPIC" --disable-thread-safe \

--with-gmp=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/gmp-6.1.0

$ make

$ make install

$ cd ..

$ tar xvzf boost_1_55_0.tar.gz

$ cd boost_1_55_0

$ ./bootstrap.sh --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/boost_1_55_0

$ ./b2 install --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/boost_1_55_0

$ cd ..

$ ./makeCGAL gmp-6.1.0 mpfr-3.1.3 >& log.makeCFAL

$ wmRefresh

$ cd $WM_PROJECT_DIR

$ ./Allwmake -j 4 >& log.make

(1) OpenFOAM-4.1/etc/bashrc 파일 수정

예제 설치 경로는 "/scratch2/sunlsy/install_test/tachyon2" 이다.

설치 환경에 맞게 수정

[변경 전]

[ $BASH_SOURCE ] && \

export FOAM_INST_DIR=$(cd ${BASH_SOURCE%/*/*/*} && pwd -P) || \

export FOAM_INST_DIR=$HOME/$WM_PROJECT

export WM_COMPILER=Gcc

export WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI

[변경 후]

export FOAM_INST_DIR=/scratch2/sunlsy/install_test/tachyon2/$WM_PROJECT

export WM_COMPILER=Icc

export WM_MPLIB=SYSTEMMPI

(2) OpenFOAM-4.1/applications/utilities/mesh/manipulation/setSet/Allwmake 파일 수정

[변경 전]

export LINK_FLAGS="-lreadline"

[변경 후]

export LINK_FLAGS="-lreadline -lcurses"

(3) OpenFOAM-4.1/etc/config.sh/settings 파일 수정

[변경 전]

64)

WM_ARCH=linux64

export WM_COMPILER_LIB_ARCH=64

export WM_CC='gcc'

export WM_CXX='g++'

export WM_CFLAGS='-m64 -fPIC'

export WM_CXXFLAGS='-m64 -fPIC -std=c++0x'

export WM_LDFLAGS='-m64'

[변경 후]

64)

WM_ARCH=linux64

export WM_COMPILER_LIB_ARCH=64

export WM_CC='icc'

export WM_CXX='icpc'

export WM_CFLAGS='-O3 -m64 -fPIC'

export WM_CXXFLAGS='-O3 -m64 -fPIC -std=c++0x'

export WM_LDFLAGS='-m64'

4. 동작 확인

$ mkdir -p $FOAM_RUN

$ run

$ cp -r $FOAM_TUTORIALS/incompressible/simpleFoam/pitzDaily ./

$ cd pitzDaily

$ blockMesh

$ simpleFoam

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Posted by 천연사이다

2017. 11. 13. 14:33 나의일 관련/Linux

OpenFOAM 3.0.0 설치 기록

OpenFOAM 3.0.0 source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

1. 설치 환경

구분

내용

OS

RHEL 5.3

기타

intel-2015 컴파일러 사용

openmpi-2.1.1 MPI 사용

python-2.7.12 사용.

2. 환경 설정 방법

[ 환경 설정 ]

$ module load compiler/intel-2015 mpi/openmpi-2.1.1 applic/python-2.7.12

3. 설치

설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.

- 참고 : https://proteusmaster.urcf.drexel.edu/urcfwiki/index.php/Compiling_OpenFOAM

설치과정

$ mkdir OpenFOAM

$ cd OpenFOAM

$ tar xvf OpenFOAM-3.0.0.tgz

$ tar xvf ThirdParty-3.0.0.tgz

$ export WM_CC=icc

$ export WM_CXX=icpc

$ export WM_CFLAGS="-m64 -fPIC -O3 -fopenmp"

$ export WM_COMPILER_ARCH=IccDPInt32Opt

$ export WM_NCOMPPROCS=8

$ cd OpenFOAM-3.0.0

$ vi etc/bashrc

- - - 수정은 아래 (1) 참조 - - -

$ vi etc/config/CGAL.sh

- - - 수정은 아래 (2) 참조 - - -

$ source etc/bashrc

$ vi $WM_DIR/rules/linux64Icc/cOpt

$ vi $WM_DIR/rules/linux64Icc/c++Opt

$ cd $WM_DIR

$ ./makeWmake

$ cd $WM_THIRD_PARTY_DIR

$

$ tar xvjf gmp-6.1.0.tar.bz2 # GMP-6.1.0 버전 설치

cd gmp-6.1.0

$ ./configure --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/gmp-6.1.0 \

--enable-cxx CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O3 -fPIC" CXXFLAGS="-O3 -fPIC"

$ make

$ make install

$

$ tar xvzf mpfr-3.1.3.tar.gz # MPFR-3.1.3 버전 설치

$ cd mpfr-3.1.3

$ ./configure --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/mpfr-3.1.3 \

CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O3 -fPIC" CXXFLAGS="-O3 -fPIC" --disable-thread-safe \

--with-gmp=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/gmp-6.1.0

$ make

$ make install

$

$ tar xvzf boost_1_61_0.tar.gz #BOOST-1.61.0 버전 설치

$ cd boost_1_61_0

$ ./bootstrap.sh --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/boost_1_61_0

$ ./b2 install --prefix=$WM_THIRD_PARTY_DIR/platforms/${WM_ARCH}${WM_COMPILER}/boost_1_61_0

$ export WM_COMPILER_ARCH=Icc

$

$ vi makeCGAL

- - - 수정은 아래 (3) 참조 - - -

$ vi ${WM_THIRD_PARTY_DIR}/etc/wmakeFiles/scotch/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib-OpenFOAM-64Int32

- - - 수정은 아래 (4) 참조 - - -

$ ./makeCGAL boost_1_61_0 gmp-6.1.0 mpfr-3.1.3

$ export SCOTCH_VERSION=6

$ ./Allwmake

$ cd $WM_PROJECT_DIR

$ ./Allwmake

(1) etc/bashrc 파일 수정

intel 컴파일러에 맞게 수정

[변경 전]

foamInstall=$HOME/$WM_PROJECT

export WM_COMPILER=Gcc

[변경 후]

foamInstall=$USER/applications/$WM_PROJECT

export WM_COMPILER=Icc

(2) etc/config/CGAL.sh 파일 수정

[변경 전]

boost_version=boost-system

[변경 후]

boost_version=boost_1_61_0

(3) makeCGAL 파일 수정

패키지들 버전에 맞게 수정

cgalPACKAGE=CGAL-4.7

boostPACKAGE=boost_1_61_0

gmpPACKAGE=gmp-6.1.0

mpfrPACKAGE=mpfr-3.1.3

(4) Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib-OpenFOAM-64Int32 파일 수정

intel 컴파일러 환경으로 수정

[변경 전]

AR = gcc

CCS = gcc

[변경 후]

AR = icc

CCS = icc

4. 사용 환경 설정

$ module load compiler/intel-2015 mpi/openmpi-2.1.1

$ source /applic/applications/OpenFOAM/OpenFOAM-3.0.0/etc/bashrc

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Posted by 천연사이다

2017. 11. 8. 10:14 나의일 관련/클러스터관리툴

SLURM 공부 기록

[slurm 계산 노드 정보 ]

- parririon 정보 확인

$ sinfo

- 상세 자원 정보 출력

$ sinfo -N -l

- sinfo 사용 참고 : https://slurm.schedmd.com/sinfo.html

[작업 제출]

sbatch 명령을 이용하여 slurm 스케줄러로 작업 제출

$ sbatch run.sh

[작업 조회]

squeue 명령을 이용하여 작업 조회

$ squeue

* R : RUNNING 상태

* PD : PENDING 상태

* S : SUSPENDED 상태

* ST : STOP 상태

* CD : COMPLETED 상태

* CA : CANCELLED 상태

* F : FAILED 상태

* NF : NODE_FAIL 상태

- 참고 : https://slurm.schedmd.com/squeue.html

[작업 정보 조회]

sacct -j {작업ID} --format {포멧지정}

sacct -j 1902 --format JobID,jobname,NTasks,nodelist,MaxRSS,MaxVMSize,AveRSS,AveVMSize

[수행 중인 작업 정보 조회]

sstat -j {작업ID} --format {포멧지정}

sstat -j 1902 --format JobID,jobname,nodelist,MaxVMSize,MaxRSS,MaxDiskRead,MaxDiskWrite

$ scontrol show job 1902

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Posted by 천연사이다

2017. 11. 2. 10:19 나의일 관련/클러스터관리툴

PBS Pro 사용자의 작업 제출 허용 기록

PBS Pro 에서 사용자의 작업 제출 허용 시키지

PBS Manager 서버에서 qmgr 명령으로 변경

qmgr -c "set server flatted = true"

또는

# qmgr

Max open servers: 49

Qmgr: s s flatuid=true

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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 16:29 나의일 관련/클러스터관리툴

redhat 계열 repo 파일 생성

/etc/yum.repos.d 경로에 파일명.repo 와 같이 repo 확장자로 파일 생성

[local]

name=local packages

baseurl=file:///mnt

enabled=1

gpgcheck=0

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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 16:12 나의일 관련/Linux

MPI hello world 예제(Fortran언어)

시스템 상태 체크 시 사용하는 MPI 코드

program main

use mpi

implicit none

integer :: provided, ierr, size, rank, len

character (len=MPI_MAX_PROCESSOR_NAME) :: name

call MPI_Init_thread(MPI_THREAD_MULTIPLE, provided, ierr)

call MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, rank, ierr)

call MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, size, ierr)

call MPI_Get_processor_name(name, len, ierr)

write(*, '(2A,I2,A,I2,3A)') &

'Hello, World! ', &

'I am process ', rank, &

' of ', size, &

' on ', name(1:len), '.'

call MPI_Finalize(ierr)

end program main

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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 16:10 나의일 관련/Linux

MPI hello world 예제(C언어)

시스템 상태 체크 시 사용하는 MPI 코드

#include <stdio.h>

#include <mpi.h>

void main(int argc, char *argv[]){

int rank,size,len;

char name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];

MPI_Init(&argc, &argv);

MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);

MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);

MPI_Get_processor_name(name, &len);

printf("Hello, World! I am process %d of size %d on %s \n",rank, size, name );

MPI_Finalize();

}

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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 11:18 나의일 관련/UNIX

기준시간 이후 파일 검색

** Unix 에서 기준 시간 이후 파일만 검색 할때 **

1. touch 를 이용하여 기준시간 파일을 작성

$ touch -t 201206010000 timeline.txt

설명 : timeline.txt 파일을 2012년 6월 1일 00시 날짜로 생성

2. find 를 이용하여 기준시간 이후 파일들만 검색

$ find . -type f -newer timeline.txt

설명 : 현재 폴더기준으로 timeline.txt 파일 이후에 생성된 파일 목록을 출력

$ find . -type f -newer timeline.txt | xargs -i cp -p {} /tmp/test_temp

설명 : 현재 폴더기준으로 timeline.txt 파일 이후에 생성된 파일 목록을 입력으로 받아서

/tmp/test_temp 폴더로 복사

저작자표시

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Posted by 천연사이다

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