2021. 8. 24. 11:06 나의일 관련/MSWindows
1. Microsoft Edge 실행
2. 설정
3. 기본 브라우저
4. "Internet Explorer를 사용하여 Microsoft Edge에서 사이트를 열어보세요" 에서 아래 두가지 중에 선택
- 호환되지 않는 사이트만(권장)
- 안 함
| excel 시간을 초로 변환 방법 기록 (0) | 2019.05.24 |
|---|---|
| FAT32 vs.exFAT 비교 (0) | 2017.12.01 |
| windows 종료 예약하기 (0) | 2017.10.30 |
| Windows sever 에서 자주 쓰는 명령 (0) | 2017.10.27 |
2020. 1. 28. 14:47 나의일 관련/클러스터관리툴
1. 작업 제출 스크립트 작성
#!/bin/sh #PBS -V #PBS -q workq #PBS -N openmp_job #PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=1:ompthreads=10 #PBS -l walltime=04:00:00
cd $PBS_O_WORKDIR ./a.out |
- 파란색 부분을 적절히 수정해서 사용 합니다.
- 위 예제에서 붉은색 부분은 작업 제출 경로로 이동하게 하는 예제로 삭제하지 않고 사용 해야 실행 오류가 발생 하지 않습니다.
2. 작업 제출 방법
- "qsub {스크립트 명}" 으로 작업을 제출할 수 있습니다.
- 예제 : 스크립트 파일 이름이 openmp.sh 인 경우
$ qsub openmp.sh |
3. 작업 조회
- qstat 명령으로 수행중인 작업과 종료된 작업을 조회
- -x 옵션을 사용할 경우 기존 작업 목록 조회
$ qstat -x Job id Name User Time Use S Queue ---------------- ---------------- ---------------- -------- - ----- 0.mgmt STDIN applic 00:00:00 F workq 1.mgmt STDIN applic 00:00:00 F workq 2.mgmt STDIN applic 00:00:00 F workq 3.mgmt STDIN applic 00:00:00 F workq |
4. 인터렉티브 작업 제출
- qsub 명령 뒤에 "-I(대문자 아이)" 옵션을 사용합니다.
- 자원 사용에 대한 설정은 "-l(소문자엘)"로 지정합니다.
$ qsub -I -V -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=1:ompthreads=10 -l walltime=01:00:00 |
5. 작업 삭제
- "qdel {작업ID}" 로 제출된 작업을 삭제할 수 있습니다.
- 작업ID는 qstat 명령으로 조회 되는 "Job id" 항목의 값 입니다.
- 예제 : 작업ID 가 3.mgmt 인 경우
$ qdel 3.mgmt |
| ipmitool 명령어 모음 (1) | 2019.11.12 |
|---|---|
| 오류 내용 : ld: cannot find -lfl (0) | 2018.01.08 |
| linux 유용한 스크립트 기록 (0) | 2017.11.16 |
| PBS Pro stack size 조정 기록 (0) | 2017.11.13 |
| SLURM 공부 기록 (0) | 2017.11.08 |
2020. 1. 21. 10:51 나의일 관련/Linux
BiocManager 를 사용 하는 방법에 대하여 정리 합니다.
우선 wget 명령을 이용하여 "https://cran.r-project.org" 사이트에서 소스를 다운 받고,
R CMD INSTALL "패키지" 의 방법으로 BiocManager 를 설치합니다.
$ wget https://cran.r-project.org/src/contrib/BiocManager_1.30.10.tar.gz $ R CMD INSTALL BiocManager_1.30.10.tar.gz |
(1) 설치 된 BiocManager 버전 확인
$ R > BiocManager::version() [1] ‘3.10’ > |
(2) 사용할 수 있는 패키지 목록 조회
- BiocManager::available("패키지명")
- 아래는 "BSgenome.Hsapiens" 패키지 목록을 조회한 예제 입니다.
> BiocManager::available("BSgenome.Hsapiens") [1] "BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5" [2] "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38" [3] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17" [4] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17.masked" [5] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18" [6] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked" [7] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" [8] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked" [9] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38" [10] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked" > |
(3) 패키지 명 으로 설치 하는 방법
> BiocManager::install("stringr") |
(4) 패키지의 버전을 지정해서 설치하는 방법
> BiocManager::install("stringr", version = "3.8") |
- 참고 : https://cran.r-project.org/web/packages/BiocManager/vignettes/BiocManager.html
| CentOS 7.5 grub2 수정 (0) | 2019.12.16 |
|---|---|
| QT-4.8.6 빌드 오류 해결 내용 정리 (0) | 2019.12.09 |
| binutils 관련 오류 기록 (0) | 2019.12.02 |
| nmon gpu 수정 버전 (0) | 2019.11.14 |
| medaka 와 기타 패키지 설치 기록 (0) | 2019.11.06 |
2019. 12. 16. 11:19 나의일 관련/Linux
CentOS 7.x 에서 변경 된 grub2 를 이용하여 kernel 을 변경 선택 하는 경우
- 기본 값 확인
# grub2-editenv list saved_entry=CentOS Linux (3.10.0-862.3.2.el7.x86_64) 7 (Core) |
- 목록 확인
# grep "^menuentry" /etc/grub2-efi.cfg | cut -d "'" -f2 CentOS Linux (3.10.0-862.3.2.el7.x86_64) 7 (Core) CentOS Linux (3.10.0-514.21.1.el7.x86_64) 7 (Core) CentOS Linux (3.10.0-514.el7.x86_64) 7 (Core) CentOS Linux (0-rescue-8cf0ebceb29e4fa288cfb6ee83955866) 7 (Core) |
- "CentOS Linux (3.10.0-514.21.1.el7.x86_64) 7 (Core)" 로 변경 하는 경우
# grub2-set-default "CentOS Linux (3.10.0-514.21.1.el7.x86_64) 7 (Core)" |
- 변경 이후 기본 값 확인
# grub2-editenv list saved_entry=CentOS Linux (3.10.0-514.21.1.el7.x86_64) 7 (Core) |
시스템 재 시작 후 "uname -a" 으로 변경이 정상적으로 진행 되었는지 확인한다.
| R BiocManager 사용 방법 정리 (0) | 2020.01.21 |
|---|---|
| QT-4.8.6 빌드 오류 해결 내용 정리 (0) | 2019.12.09 |
| binutils 관련 오류 기록 (0) | 2019.12.02 |
| nmon gpu 수정 버전 (0) | 2019.11.14 |
| medaka 와 기타 패키지 설치 기록 (0) | 2019.11.06 |
2019. 12. 9. 13:23 나의일 관련/Linux
OS : CentOS 8
[오류 내용]
error: ‘std::tr1’ has not been declared
[해결 방법]
# vi mkspecs/common/gcc-base.conf
- 변경 전 : QMAKE_CXXFLAGS += $$QMAKE_CFLAGS
- 변경 후 : QMAKE_CXXFLAGS += $$QMAKE_CFLAGS -std=gnu++98
자세한 설명은 아래 참고 사이트에 작성되어 있습니다.
- 참고 : https://stackoverflow.com/questions/52061472/installing-qt-from-source-v-4-8-6
| R BiocManager 사용 방법 정리 (0) | 2020.01.21 |
|---|---|
| CentOS 7.5 grub2 수정 (0) | 2019.12.16 |
| binutils 관련 오류 기록 (0) | 2019.12.02 |
| nmon gpu 수정 버전 (0) | 2019.11.14 |
| medaka 와 기타 패키지 설치 기록 (0) | 2019.11.06 |
2019. 12. 2. 11:33 나의일 관련/Linux
binutils 버전을 2.25 이상으로 설치 후 진행 하면 해결 된다.
[오류내용]
/tmp/ccJ9KaJq.s: Assembler messages: /tmp/ccJ9KaJq.s:1207: Error: no such instruction: `shlx %rdi,(%r15),%rax' /tmp/ccJ9KaJq.s:1377: Error: no such instruction: `shlx %r12,(%r15),%rax' /tmp/ccJ9KaJq.s:1399: Error: no such instruction: `shlx %edx,%edi,%edx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1410: Error: no such instruction: `shrx %rdx,%rbx,%rbx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1430: Error: no such instruction: `shlx %rax,%rdx,%rdx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1451: Error: no such instruction: `shlx %r12,(%r15),%rcx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1467: Error: no such instruction: `shrx %rdx,%rbx,%rcx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1469: Error: no such instruction: `shlx %edx,%edi,%edx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1490: Error: no such instruction: `shlx %r11d,%ebx,%r11d' /tmp/ccJ9KaJq.s:1501: Error: no such instruction: `shrx %r11,%rcx,%rcx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1504: Error: no such instruction: `shrx %rdx,%rcx,%rbx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1506: Error: no such instruction: `shlx %edx,%r11d,%edx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1695: Error: no such instruction: `shlx %r12,(%r15),%rax' /tmp/ccJ9KaJq.s:1715: Error: no such instruction: `shrx %rcx,%rbx,%rbx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1798: Error: no such instruction: `shlx %r9,(%r15),%rdx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1836: Error: no such instruction: `shlx %rax,%rcx,%rcx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1874: Error: no such instruction: `shlx %rcx,%rsi,%rsi' /tmp/ccJ9KaJq.s:1894: Error: no such instruction: `shlx %rax,%rdx,%rdx' /tmp/ccJ9KaJq.s:1923: Error: no such instruction: `shlx %r9,%rdx,%rdx' |
| CentOS 7.5 grub2 수정 (0) | 2019.12.16 |
|---|---|
| QT-4.8.6 빌드 오류 해결 내용 정리 (0) | 2019.12.09 |
| nmon gpu 수정 버전 (0) | 2019.11.14 |
| medaka 와 기타 패키지 설치 기록 (0) | 2019.11.06 |
| anydesk 간단 설치 및 설정 (0) | 2019.10.31 |
2019. 11. 14. 11:26 나의일 관련/Linux
nmon(http://nmon.sourceforge.net) 소스 코드 lmon16k 버전은 GPU가 4개만 출력되어 일부 수정하여 8개의 GPU 가 출력되도록 수정 하였다.
아래 코드들 출처는 http://nmon.sourceforge.net 이다.
makefile
CFLAGS=-g -O3 -Wall LDFLAGS=-lncurses -lm -lnvidia-ml FILE=lmon_sylee.c nmon_sylee: $(FILE) gcc -o nmon_sylee $(FILE) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -D X86 -D RHEL7 -D NVIDIA_GPU |
※ 마지막 줄은 tab 공백
| QT-4.8.6 빌드 오류 해결 내용 정리 (0) | 2019.12.09 |
|---|---|
| binutils 관련 오류 기록 (0) | 2019.12.02 |
| medaka 와 기타 패키지 설치 기록 (0) | 2019.11.06 |
| anydesk 간단 설치 및 설정 (0) | 2019.10.31 |
| [Perl 오류] "all" is not exported by the List::Util module (0) | 2019.10.17 |
2019. 11. 12. 08:35 나의일 관련/클러스터관리툴
IPMI(Intelligent Platform Management Interface)는 Intel의 주도로 1998년 개발 되었고,
Intel, IBM, Dell, HPE 등 200개 이상의 컴퓨터 시스템 공급업체에서 지원합니다.
※ 출처 : https://en.wikipedia.org/wiki/Intelligent_Platform_Management_Interface
소개 명령들은 서버 관리에 자주 사용되는 ipmitool 명령들을 안내 합니다.
Commands: raw Send a RAW IPMI request and print response i2c Send an I2C Master Write-Read command and print response spd Print SPD info from remote I2C device lan Configure LAN Channels chassis Get chassis status and set power state power Shortcut to chassis power commands event Send pre-defined events to MC mc Management Controller status and global enables sdr Print Sensor Data Repository entries and readings sensor Print detailed sensor information fru Print built-in FRU and scan SDR for FRU locators gendev Read/Write Device associated with Generic Device locators sdr sel Print System Event Log (SEL) pef Configure Platform Event Filtering (PEF) sol Configure and connect IPMIv2.0 Serial-over-LAN tsol Configure and connect with Tyan IPMIv1.5 Serial-over-LAN isol Configure IPMIv1.5 Serial-over-LAN user Configure Management Controller users channel Configure Management Controller channels session Print session information dcmi Data Center Management Interface nm Node Manager Interface sunoem OEM Commands for Sun servers kontronoem OEM Commands for Kontron devices picmg Run a PICMG/ATCA extended cmd fwum Update IPMC using Kontron OEM Firmware Update Manager firewall Configure Firmware Firewall delloem OEM Commands for Dell systems shell Launch interactive IPMI shell exec Run list of commands from file set Set runtime variable for shell and exec hpm Update HPM components using PICMG HPM.1 file ekanalyzer run FRU-Ekeying analyzer using FRU files ime Update Intel Manageability Engine Firmware vita Run a VITA 46.11 extended cmd lan6 Configure IPv6 LAN Channels |
IPMI LAN 명령은 아래 내용들을 조회(print) 하거나 설정(set)할 수 있다.
# ipmitool lan LAN Commands: print [<channel number>] set <channel number> <command> <parameter> alert print <channel number> <alert destination> alert set <channel number> <alert destination> <command> <parameter> stats get [<channel number>] stats clear [<channel number>] |
LAN 정보 확인
# ipmitool lan print 1 Set in Progress : Set Complete Auth Type Support : MD2 MD5 PASSWORD OEM Auth Type Enable : Callback : MD2 MD5 PASSWORD OEM : User : MD2 MD5 PASSWORD OEM : Operator : MD2 MD5 PASSWORD OEM : Admin : MD2 MD5 PASSWORD OEM : OEM : MD2 MD5 PASSWORD OEM IP Address Source : DHCP Address IP Address : 0.0.0.0 Subnet Mask : 0.0.0.0 MAC Address : {생략} SNMP Community String : AMI IP Header : TTL=0x40 Flags=0x40 Precedence=0x00 TOS=0x10 BMC ARP Control : ARP Responses Enabled, Gratuitous ARP Disabled Gratituous ARP Intrvl : 0.0 seconds Default Gateway IP : 0.0.0.0 Default Gateway MAC : 00:00:00:00:00:00 Backup Gateway IP : 0.0.0.0 Backup Gateway MAC : 00:00:00:00:00:00 802.1q VLAN ID : Disabled 802.1q VLAN Priority : 0 RMCP+ Cipher Suites : 0,1,2,3,6,7,8,11,12,15,16,17 Cipher Suite Priv Max : XaaaXXaaaXXaaXX : X=Cipher Suite Unused : c=CALLBACK : u=USER : o=OPERATOR : a=ADMIN : O=OEM Bad Password Threshold : 0 Invalid password disable: no Attempt Count Reset Int.: 0 User Lockout Interval : 0 |
LAN 설정
# ipmitool lan set 1 ipsrc static # IP 고정값 사용 # ipmitool lan set 1 ipaddr 192.168.15.2 # IP 부여 Setting LAN IP Address to 192.168.15.2 # IP 설정 결과 출력 # ipmitool lan set 1 netmask 255.255.255.0 # netmask 설정 Setting LAN Subnet Mask to 255.255.255.0 # netmask 설정 결과 출력 |
시간 확인
# ipmitool sel time get |
시간설정
# ipmitool sel time set now |
BMC 재 부팅
# ipmitool mc reset cold |
| PBS Pro 사용 방법 정리(작성중) (0) | 2020.01.28 |
|---|---|
| 오류 내용 : ld: cannot find -lfl (0) | 2018.01.08 |
| linux 유용한 스크립트 기록 (0) | 2017.11.16 |
| PBS Pro stack size 조정 기록 (0) | 2017.11.13 |
| SLURM 공부 기록 (0) | 2017.11.08 |
2019. 11. 6. 15:51 나의일 관련/Linux
https://github.com/nanoporetech/medaka
medaka-0.10.0 버전은 아래 패키지들이 필요하다.
[의존 패키지 목록]
biopython cffi h5py==2.7.1 intervaltree tensorflow==1.14.0 numpy==1.16.1 mappy parasail pysam==0.15.2 whatshap==0.18 |
tensorflow 로 설치 하는 경우와 tensorflow_gpu 로 설치하는 경우에 따라 다르게 동작한다.
쉽게 conda 를 이용하여 CPU 버전과 GPU 버전을 설치 했다.
[CPU 버전 설치 방법]
# conda create -n medaka_cpu # source activate medaka_cpu # conda install -c bioconda medaka # conda install -c bioconda racon canu wtdbg |
[GPU 버전 설치 방법]
# conda create -n medaka_gpu # source activate medaka_gpu # conda install -c anaconda -c bioconda -c bioconda-legacy biopython mappy \ parasail-python intervaltree cffi h5py==2.7.1 tensorflow-gpu==1.14.0 \ numpy==1.16.1 pysam==0.15.2 whatshap==0.18 cudatoolkit=9.2 # conda install -c bioconda medaka racon canu wtdbg |
[테스트 방법]
- 예제 : https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/ont-research/medaka_walkthrough_no_reads.tar.gz
# tar -xzf medaka_walkthrough_no_reads.tar.gz # cd data # medaka_consensus -d draft_assm.fa -i basecalls.fa -t 8 -b 100 |
* RTX series GPU 사용의 경우 " export TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH=true" 설정 필요하다.
[nvidia-smi 명령으로 GPU 사용 상태를 조회]
Thu Oct 31 11:10:12 2019 +-----------------------------------------------------------------------------+ | NVIDIA-SMI 418.88 Driver Version: 418.88 CUDA Version: 10.1 | |-------------------------------+----------------------+----------------------+ | GPU Name Persistence-M| Bus-Id Disp.A | Volatile Uncorr. ECC | | Fan Temp Perf Pwr:Usage/Cap| Memory-Usage | GPU-Util Compute M. | |===============================+=====================| | 0 GeForce GTX 108... Off | 00000000:04:00.0 Off | N/A | | 23% 34C P2 73W / 250W | 10897MiB / 11178MiB | 0% Default | +-------------------------------+----------------------+----------------------+ | 1 GeForce GTX 108... Off | 00000000:06:00.0 Off | N/A | | 23% 34C P2 56W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default | +-------------------------------+----------------------+----------------------+ | 2 GeForce GTX 108... Off | 00000000:07:00.0 Off | N/A | | 23% 30C P2 56W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default | +-------------------------------+----------------------+----------------------+ | 3 GeForce GTX 108... Off | 00000000:08:00.0 Off | N/A | | 23% 34C P2 56W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default | +-------------------------------+----------------------+----------------------+ | 4 GeForce GTX 108... Off | 00000000:0C:00.0 Off | N/A | | 23% 31C P2 55W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default | +-------------------------------+----------------------+----------------------+ | 5 GeForce GTX 108... Off | 00000000:0D:00.0 Off | N/A | | 23% 27C P2 55W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default | +-------------------------------+----------------------+----------------------+ | 6 GeForce GTX 108... Off | 00000000:0E:00.0 Off | N/A | | 23% 28C P2 55W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default | +-------------------------------+----------------------+----------------------+ | 7 GeForce GTX 108... Off | 00000000:0F:00.0 Off | N/A | | 23% 31C P2 56W / 250W | 147MiB / 11178MiB | 0% Default | +-------------------------------+----------------------+----------------------+ +-----------------------------------------------------------------------------+ | Processes: GPU Memory | | GPU PID Type Process name Usage | |===============================+=====================| | 0 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 10887MiB | | 1 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB | | 2 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB | | 3 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB | | 4 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB | | 5 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB | | 6 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB | | 7 15250 C ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 137MiB | +-----------------------------------------------------------------------------+ |
GPU 버전 패키지 추가 설치
$ conda install "cython>=0.25.2" "ont-fast5-api==1.2.0" \ "matplotlib>=2.0.0" "pep8==1.7.0" "autopep8==1.2.4" \ "ipython==6.1.0" "pytest==3.1.2" \ "parameterized==0.6.1" "pytest-xdist==1.15.0" $ conda install salmon $ git clone https://github.com/nanoporetech/taiyaki.git $ cd taiyaki $ python setup.py build $ python setup.py install $ conda install -c bioconda bwapy $ conda install -c bioconda pychopper $ conda install -c bioconda pomoxis $ git clone https://github.com/snakemake/snakemake.git $ cd snakemake $ python setup.py build $ python setup.py install $ conda install -c bioconda ont-tombo $ conda install -c bioconda qcat $ conda install -c bioconda wub $ conda install -c bioconda gtfparse $ conda install -c bioconda fastqc $ git clone https://github.com/nanoporetech/megalodon.git $ cd megalodon $ python setup.py build $ python setup.py install $ conda install -c bioconda mako $ conda install -c bioconda drmaa gpustat $ git clone https://github.com/nanoporetech/katuali.git $ cd katuali $ python setup.py build $ python setup.py install $ pip install ont-h5-validator |
| binutils 관련 오류 기록 (0) | 2019.12.02 |
|---|---|
| nmon gpu 수정 버전 (0) | 2019.11.14 |
| anydesk 간단 설치 및 설정 (0) | 2019.10.31 |
| [Perl 오류] "all" is not exported by the List::Util module (0) | 2019.10.17 |
| python 3 "NameError: name 'file' is not defined " (0) | 2019.05.31 |
2019. 10. 31. 13:33 나의일 관련/Linux
https://anydesk.com/en/downloads/linux 사이트에서
"RedHat Enterprise Linux 7(64Bit)" 선택 후 다운 받는다.
[설치 방법]
# yum localinstall anydesk-5.1.2-1.el7.x86_64.rpm # systemctl start anydesk.service # systemctl enable anydesk.service |
[ID 값 조회]
# anydesk --get-id |
[비밀번호 설정]
- 비밀번호를 "iloveyou" 로 설정하는 경우
# echo iloveyou | anydesk --set-password |
| nmon gpu 수정 버전 (0) | 2019.11.14 |
|---|---|
| medaka 와 기타 패키지 설치 기록 (0) | 2019.11.06 |
| [Perl 오류] "all" is not exported by the List::Util module (0) | 2019.10.17 |
| python 3 "NameError: name 'file' is not defined " (0) | 2019.05.31 |
| MAC XQuartz GLX 오류 해결 기록 (0) | 2019.01.22 |
lmon_sylee.c
