IPMI(Intelligent Platform Management Interface)는 Intel의 주도로 1998년 개발 되었고,

Intel, IBM, Dell, HPE 등 200개 이상의 컴퓨터 시스템 공급업체에서 지원합니다.


IPMI 아키텍처 다이어그램은 SMBUS를 통한 BMC 측 대역을 보여줍니다.

※ 출처 : https://en.wikipedia.org/wiki/Intelligent_Platform_Management_Interface


소개 명령들은 서버 관리에 자주 사용되는 ipmitool 명령들을 안내 합니다.


Commands:

        raw           Send a RAW IPMI request and print response

        i2c           Send an I2C Master Write-Read command and print response

        spd           Print SPD info from remote I2C device

        lan           Configure LAN Channels

        chassis       Get chassis status and set power state

        power         Shortcut to chassis power commands

        event         Send pre-defined events to MC

        mc            Management Controller status and global enables

        sdr           Print Sensor Data Repository entries and readings

        sensor        Print detailed sensor information

        fru           Print built-in FRU and scan SDR for FRU locators

        gendev        Read/Write Device associated with Generic Device locators sdr

        sel           Print System Event Log (SEL)

        pef           Configure Platform Event Filtering (PEF)

        sol           Configure and connect IPMIv2.0 Serial-over-LAN

        tsol          Configure and connect with Tyan IPMIv1.5 Serial-over-LAN

        isol          Configure IPMIv1.5 Serial-over-LAN

        user          Configure Management Controller users

        channel       Configure Management Controller channels

        session       Print session information

        dcmi          Data Center Management Interface

        nm            Node Manager Interface

        sunoem        OEM Commands for Sun servers

        kontronoem    OEM Commands for Kontron devices

        picmg         Run a PICMG/ATCA extended cmd

        fwum          Update IPMC using Kontron OEM Firmware Update Manager

        firewall      Configure Firmware Firewall

        delloem       OEM Commands for Dell systems

        shell         Launch interactive IPMI shell

        exec          Run list of commands from file

        set           Set runtime variable for shell and exec

        hpm           Update HPM components using PICMG HPM.1 file

        ekanalyzer    run FRU-Ekeying analyzer using FRU files

        ime           Update Intel Manageability Engine Firmware

        vita          Run a VITA 46.11 extended cmd

        lan6          Configure IPv6 LAN Channels 


IPMI LAN 명령은 아래 내용들을 조회(print) 하거나 설정(set)할 수 있다.

# ipmitool lan

LAN Commands:

                   print [<channel number>]

                   set <channel number> <command> <parameter>

                   alert print <channel number> <alert destination>

                   alert set <channel number> <alert destination> <command> <parameter>

                   stats get [<channel number>]

                   stats clear [<channel number>] 


LAN 정보 확인

 # ipmitool lan print 1

 Set in Progress         : Set Complete

 Auth Type Support       : MD2 MD5 PASSWORD OEM

 Auth Type Enable        : Callback : MD2 MD5 PASSWORD OEM

                         : User     : MD2 MD5 PASSWORD OEM

                         : Operator : MD2 MD5 PASSWORD OEM

                         : Admin    : MD2 MD5 PASSWORD OEM

                         : OEM      : MD2 MD5 PASSWORD OEM

 IP Address Source       : DHCP Address

 IP Address              : 0.0.0.0

 Subnet Mask             : 0.0.0.0 

 MAC Address             : {생략}

 SNMP Community String   : AMI

 IP Header               : TTL=0x40 Flags=0x40 Precedence=0x00 TOS=0x10

 BMC ARP Control         : ARP Responses Enabled, Gratuitous ARP Disabled

 Gratituous ARP Intrvl   : 0.0 seconds

 Default Gateway IP      : 0.0.0.0

 Default Gateway MAC     : 00:00:00:00:00:00

 Backup Gateway IP       : 0.0.0.0

 Backup Gateway MAC      : 00:00:00:00:00:00

 802.1q VLAN ID          : Disabled

 802.1q VLAN Priority    : 0

 RMCP+ Cipher Suites     : 0,1,2,3,6,7,8,11,12,15,16,17

 Cipher Suite Priv Max   : XaaaXXaaaXXaaXX

                         :     X=Cipher Suite Unused

                         :     c=CALLBACK

                         :     u=USER

                         :     o=OPERATOR

                         :     a=ADMIN

                         :     O=OEM

 Bad Password Threshold  : 0

 Invalid password disable: no

 Attempt Count Reset Int.: 0

 User Lockout Interval   : 0


LAN 설정

 # ipmitool lan  set 1 ipsrc static                    # IP 고정값 사용 

 # ipmitool lan set 1 ipaddr 192.168.15.2         #  IP 부여

  Setting LAN IP Address to 192.168.15.2         # IP 설정 결과 출력

 # ipmitool lan set 1 netmask 255.255.255.0     # netmask 설정

  Setting LAN Subnet Mask to 255.255.255.0    # netmask 설정 결과 출력


시간 확인

 # ipmitool sel time get


시간설정

 # ipmitool sel time set now 


BMC 재 부팅

 # ipmitool mc reset cold




Posted by 천연사이다


https://github.com/nanoporetech/medaka

medaka-0.10.0 버전은 아래 패키지들이 필요하다.


[의존 패키지 목록]

 biopython

 cffi

 h5py==2.7.1

 intervaltree

 tensorflow==1.14.0

 numpy==1.16.1

 mappy

 parasail

 pysam==0.15.2

 whatshap==0.18


tensorflow 로 설치 하는 경우와 tensorflow_gpu 로 설치하는 경우에 따라 다르게 동작한다.

쉽게 conda 를 이용하여 CPU 버전과 GPU 버전을 설치 했다.

[CPU 버전 설치 방법]

 # conda create -n medaka_cpu

 # source activate medaka_cpu

 # conda install -c bioconda medaka

 # conda install -c bioconda racon canu wtdbg


[GPU 버전 설치 방법]

 # conda create -n medaka_gpu

 # source activate medaka_gpu

 # conda install -c anaconda -c bioconda -c bioconda-legacy biopython mappy \

  parasail-python intervaltree cffi h5py==2.7.1 tensorflow-gpu==1.14.0 \

  numpy==1.16.1 pysam==0.15.2 whatshap==0.18 cudatoolkit=9.2

 # conda install -c bioconda medaka racon canu wtdbg


[테스트 방법]

- 예제 : https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/ont-research/medaka_walkthrough_no_reads.tar.gz

 # tar -xzf medaka_walkthrough_no_reads.tar.gz

 # cd data

 # medaka_consensus -d draft_assm.fa -i basecalls.fa -t 8 -b 100

* RTX series GPU 사용의 경우 " export TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH=true" 설정 필요하다.


[nvidia-smi 명령으로 GPU 사용 상태를 조회]

Thu Oct 31 11:10:12 2019

+-----------------------------------------------------------------------------+

| NVIDIA-SMI 418.88       Driver Version: 418.88       CUDA Version: 10.1     |

|-------------------------------+----------------------+----------------------+

| GPU  Name        Persistence-M| Bus-Id        Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |

| Fan  Temp  Perf  Pwr:Usage/Cap|         Memory-Usage | GPU-Util  Compute M. |

|===============================+=====================|

|   0  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:04:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   34C    P2    73W / 250W |  10897MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   1  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:06:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   34C    P2    56W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   2  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:07:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   30C    P2    56W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   3  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:08:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   34C    P2    56W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   4  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:0C:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   31C    P2    55W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   5  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:0D:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   27C    P2    55W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   6  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:0E:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   28C    P2    55W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   7  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:0F:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   31C    P2    56W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+


+-----------------------------------------------------------------------------+

| Processes:                                                       GPU Memory |

|  GPU       PID   Type   Process name                             Usage      |

|===============================+=====================|

|    0     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 10887MiB |

|    1     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    2     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    3     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    4     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    5     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    6     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    7     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

+-----------------------------------------------------------------------------+ 


GPU 버전 패키지 추가 설치

 $ conda install "cython>=0.25.2" "ont-fast5-api==1.2.0" \

  "matplotlib>=2.0.0" "pep8==1.7.0" "autopep8==1.2.4" \

  "ipython==6.1.0" "pytest==3.1.2" \

  "parameterized==0.6.1" "pytest-xdist==1.15.0"

 $ conda install salmon  

 $ git clone https://github.com/nanoporetech/taiyaki.git

 $ cd taiyaki

 $ python setup.py build

 $ python setup.py install

 $ conda install -c bioconda bwapy

 $ conda install -c bioconda pychopper

 $ conda install -c bioconda pomoxis

 $ git clone https://github.com/snakemake/snakemake.git

 $ cd snakemake

 $ python setup.py build

 $ python setup.py install

 $ conda install -c bioconda ont-tombo

 $ conda install -c bioconda qcat

 $ conda install -c bioconda wub

 $ conda install -c bioconda gtfparse

 $ conda install -c bioconda fastqc

 $ git clone https://github.com/nanoporetech/megalodon.git

 $ cd megalodon

 $ python setup.py build

 $ python setup.py install

 $ conda install -c bioconda mako

 $ conda install -c bioconda drmaa gpustat

 $ git clone https://github.com/nanoporetech/katuali.git

 $ cd katuali

 $ python setup.py build

 $ python setup.py install

 $ pip install ont-h5-validator



Posted by 천연사이다


https://anydesk.com/en/downloads/linux 사이트에서 

"RedHat Enterprise Linux 7(64Bit)" 선택 후 다운 받는다.


[설치 방법]

 # yum localinstall anydesk-5.1.2-1.el7.x86_64.rpm

 # systemctl start anydesk.service

 # systemctl enable anydesk.service


[ID 값 조회]

 # anydesk --get-id


[비밀번호 설정]

- 비밀번호를 "iloveyou" 로 설정하는 경우

 # echo iloveyou | anydesk --set-password 


Posted by 천연사이다

Perl 사용 시 ""all" is not exported by the List::Util module" 오류가 발생 할 경우는 "List::Util" Perl module 상위 버전을 설치해서 사용 한다.


[설치 과정]

$ wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/P/PE/PEVANS/Scalar-List-Utils-1.52.tar.gz 

$ tar xzf Scalar-List-Utils-1.52.tar.gz 
$ cd Scalar-List-Utils-1.52 
$ perl Makefile.PL PREFIX=${HOME}/perl/5.10.1 
$ make 
$ make install


[사용을 위한 환경설정]

아래 내용을 .bashrc 와 같은 환경설정 파일에 내용을 추가 한다.

 $ export PERL5LIB=${HOME}/perl/5.10.1/lib64/perl5:${PERL5LIB}


Posted by 천연사이다

- 오류 내용 : NameError: name 'file' is not defined
- 오류 원인 및 해결 방법 : 
   python 2.x 버전에서 사용하던 file() 은 삭제 되었습니다.
   Python 3 버전에서는 file() 대신 open(filename, mode)을 사용하세요.
- 참고 : https://docs.python.org/release/3.0/whatsnew/3.0.html#builtins
       https://docs.python.org/release/3.0/library/functions.html#open

Posted by 천연사이다

시간이 10시6분34초 인 경우

=TEXT("10:06:34","[s]")

 

excel B2 시간에서 B1 시간을 빼서 초로 변환하는 경우

=TEXT(B2-B1,"[s]")

 

 

Posted by 천연사이다

MAC XQuartz 를 이용하여 OpenGL 라이브러리 사용 시 오류가 발생하면

터미널을 열어서 [해결방법]을 실행 후 다시 ssh 연결 


[해결 방법]

$ defaults write org.macosforge.xquartz.X11 enable_iglx -bool true


[오류 내용]

Gdk-ERROR **: The program '<PROGRAM>' received an X Window System error.

This probably reflects a bug in the program.

The error was '<SOME_ERROR>'.

 (Details: serial <AA> error_code <B> request_code <CC> minor_code <D>)

 (Note to programmers: normally, X errors are reported asynchronously;

  that is, you will receive the error a while after causing it.

   To debug your program, run it with the --sync command line

  option to change this behavior. You can then get a meaningful

  backtrace from your debugger if you break on the gdk_x_error() function.)


Posted by 천연사이다

./configure --prefix=/apps/common/antlr/2.7.7

make

make install


[오류 내용]

In file included from /apps/wa/build/common/antlr-2.7.7/lib/cpp/src/../../../lib/cpp/src/CharScanner.cpp:10:0:

/apps/wa/build/common/antlr-2.7.7/scripts/../lib/cpp/antlr/CharScanner.hpp:474:30: error: ‘EOF’ was not declared in this scope

  static const int EOF_CHAR = EOF;

                              ^

/apps/wa/build/common/antlr-2.7.7/scripts/../lib/cpp/antlr/CharScanner.hpp: In member function ‘bool antlr::CharScannerLiteralsLess::operator()(const string&, const string&) const’:

/apps/wa/build/common/antlr-2.7.7/scripts/../lib/cpp/antlr/CharScanner.hpp:565:41: error: ‘strcasecmp’ was not declared in this scope

   return (strcasecmp(x.c_str(),y.c_str())<0);

                                         ^


xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

                      >> E R R O R <<

============================================================


g++ -O2 -DNDEBUG -felide-constructors -pipe -c  -I . -I /apps/wa/build/common/antlr-2.7.7/scripts/../lib/cpp /apps/wa/build/common/antlr-2.7.7/lib/cpp/src/../../../lib/cpp/src/CharScanner.cpp

 

vi lib/cpp/antlr/CharScanner.hpp

[변경 전]

#include <antlr/config.hpp>


[변경 후]

#include <fstream>

#include <strings.h>  

#include <antlr/config.hpp>

#ifndef EOF

    #define EOF     std::ifstream::traits_type::eof()

#endif

Posted by 천연사이다


RedHat 5.3 OS 에 GCC 6.1 설치 과정 기록


1. binutils-2.30 install

./configure --prefix=/home01/sunlsy/tachyon2

make

make install


export PATH=/home01/sunlsy/tachyon2/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/home01/sunlsy/tachyon2/lib:$LD_LIBRARY_PATH


2. gmp-6.1.0

./configure --prefix=/home01/sunlsy/tachyon2

make

make install


3. mpfr-3.1.6

./configure --prefix=/home01/sunlsy/tachyon2 --with-gmp-include=/home01/sunlsy/tachyon2/include --with-gmp-lib=/home01/sunlsy/tachyon2/lib

make

make install


4. mpc-1.0.3

./configure --prefix=/home01/sunlsy/tachyon2 --with-mpfr=/home01/sunlsy/tachyon2 --with-gmp=/home01/sunlsy/tachyon2

make

make install


export PATH=/applic/common/utils/bin:$PATH


5. gcc-6.1.0

./configure --prefix=/home01/sunlsy/tachyon2  \

--enable-shared --enable-threads=posix \

--enable-clocale=gnu --enable-languages=c,c++,fortran,lto \

--with-mpc=/home01/sunlsy/tachyon2 --with-mpfr=/home01/sunlsy/tachyon2 \

--with-gmp=/home01/sunlsy/tachyon2

make

make install 



Posted by 천연사이다


플랜다스의계 홈페이지가 새로 열렸다.


아래는 daum 카페 플랜다스의계 에 올라온 공지내용을 발췌 하였다.


안녕하세요

플랜다스의 계 입니다.


준비해 오던 홈페이지가 금일 정식으로 운영을 시작하였습니다


(http://www.plandasdog.kr)  공식홈페이지 주소 입니다


플랜다스의 계의 대표 창구로서 대외적으로 활동과 공지등을 하게 될 것입니다



다음과 같이 바뀌게 되는 내용을 공지 드립니다.


1. 홈페이지에 접속을 위해  기본적으로 모두 회원가입을 하셔야 합니다.


2. 회원게시판은 정기/일시후원 및 특별회비 납부하신 회원만 사용하실 수 있습니다.


3. 기존 특별회원으로 가입 하시고 특별번호를 부여받은 분들은 홈페이지에 회원가입만 하시면 되고

    따로 특별회원 재가입을 하실 필요는 없습니다.


4. 다스모금액과 인원등은 홈페이지를 통해 공지하고, 카페에는 집계를 공표하지 않겠습니다.


5. 후원 관련하여 영상과 링크들도 홈페이지로 연동하였습니다.



감사합니다 





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