2017. 10. 27. 16:10 나의일 관련/Linux

MPI hello world 예제(C언어)

시스템 상태 체크 시 사용하는 MPI 코드 


#include <stdio.h>

#include <mpi.h>


void main(int argc, char *argv[]){

    int rank,size,len;

    char name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];


    MPI_Init(&argc, &argv);

    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);

    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);

    MPI_Get_processor_name(name, &len);

    printf("Hello, World! I am process %d of size %d on %s \n",rank, size, name );


    MPI_Finalize();


} 


저작자표시

'나의일 관련 > Linux' 카테고리의 다른 글

CUDA SDK 8.0 관련 이슈 기록  (0) 2017.10.31
MPI hello world 예제(Fortran언어)  (0) 2017.10.27
Quantum Espresso 6.1 설치 기록  (0) 2017.10.27
[galaxy] fftw-3.3.4 설치 기록  (0) 2017.10.27
siesta-4.0 설치 기록  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 11:20 나의일 관련/MSWindows

Windows sever 에서 자주 쓰는 명령

mstsc : 원격 데스크탑 연결

service.msc : 서비스 리스트

dsa.msc :  user 관리

dcpromo : AD 생성

저작자표시

'나의일 관련 > MSWindows' 카테고리의 다른 글

Internet Explorer를 사용하면 Microsoft Edge가 열리는 현상 해결  (0) 2021.08.24
excel 시간을 초로 변환 방법 기록  (0) 2019.05.24
FAT32 vs.exFAT 비교  (0) 2017.12.01
windows 종료 예약하기  (0) 2017.10.30
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 11:18 나의일 관련/UNIX

기준시간 이후 파일 검색

** Unix 에서 기준 시간 이후 파일만 검색 할때 **


1. touch 를 이용하여 기준시간 파일을 작성


$ touch -t 201206010000 timeline.txt

설명 : timeline.txt 파일을 2012년 6월 1일 00시 날짜로 생성


2. find 를 이용하여 기준시간 이후 파일들만 검색


$ find . -type f -newer timeline.txt

설명 : 현재 폴더기준으로 timeline.txt 파일 이후에 생성된 파일 목록을 출력


$ find . -type f -newer timeline.txt | xargs -i cp -p {} /tmp/test_temp

설명 : 현재 폴더기준으로 timeline.txt 파일 이후에 생성된 파일 목록을 입력으로 받아서

         /tmp/test_temp 폴더로 복사

저작자표시

'나의일 관련 > UNIX' 카테고리의 다른 글

gcam(GPFS Current Activity Monitor)  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 11:17 나의일 관련/UNIX

gcam(GPFS Current Activity Monitor)

GPFS 모니터링에 유용한 Text UI tool


Python3.2(https://www.python.org/download/releases/3.2) 에서 안정적으로 동작 하니 참고.


링크 : http://code.google.com/p/gcam/ 또는 https://github.com/impredicative/gcam



저작자표시

'나의일 관련 > UNIX' 카테고리의 다른 글

기준시간 이후 파일 검색  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:58 나의일 관련/Linux

Quantum Espresso 6.1 설치 기록

$ tar xvzf qe-6.1.tar.gz 

$ cd qe-6.1

$ unset LD_LIBRARY_PATH

$ module load  compiler/intel-2017  cuda/8.0 cudampi/mvapich2-2.2

$ export FC=mpif90 

$ export CC=mpicc 

$ export F77=mpif90 

$ export EXTLIB_FLAGS="-mkl=sequential"

$ export CFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ export FFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ export FCFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ ./configure --prefix=$HOME/applications/espresso/6.1/intel/2017/mvapich2/2.2 \

  --enable-parallel --with-scalapack=no \

  FFT_LIBS=/applic/compilers/intel/2017/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a

$ vi make.inc

$ make all

$ make install


[Edit the make.inc file]

IFLAGS = -I$(TOPDIR)/include -I../include/ -I/applic/compilers/intel/2017/mkl/include \

             -I/applic/compilers/intel/2017/mkl/include/fftw

저작자표시

'나의일 관련 > Linux' 카테고리의 다른 글

MPI hello world 예제(Fortran언어)  (0) 2017.10.27
MPI hello world 예제(C언어)  (0) 2017.10.27
[galaxy] fftw-3.3.4 설치 기록  (0) 2017.10.27
siesta-4.0 설치 기록  (0) 2017.10.27
intel-2013 컴파일러로 fftw-2.1.5 설치 하는 경우 openmp 오류 관련  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:17 나의일 관련/Linux

[galaxy] fftw-3.3.4 설치 기록

[시스템 정보]
OS : CentOS 6.4

[환경 설정]
$ module load compilers/intel-13.1.117  mpi/intel/openmpi-1.8.8

[FFTW3 double]
$ export CXX=mpicxx
$ export CC=mpicc
$ export F77=mpif90
$ export FC=mpif90
$ export F90=mpif90
$ export CFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FCFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export CXXFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ ./configure --prefix=$HOME/galaxy/FFTW/3.3.4/double  \
--enable-mpi --enable-openmp --enable-threads --enable-shared
$ make
$ make install

[FFTW3 single]
$ export CXX=mpicxx
$ export CC=mpicc
$ export F77=mpif90
$ export FC=mpif90
$ export F90=mpif90
$ export CFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FCFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export CXXFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ ./configure --prefix=$HOME/galaxy/FFTW/3.3.4/single  \
--enable-mpi --enable-openmp --enable-threads --enable-shared --enable-float
$ make
$ make install


저작자표시

'나의일 관련 > Linux' 카테고리의 다른 글

MPI hello world 예제(C언어)  (0) 2017.10.27
Quantum Espresso 6.1 설치 기록  (0) 2017.10.27
siesta-4.0 설치 기록  (0) 2017.10.27
intel-2013 컴파일러로 fftw-2.1.5 설치 하는 경우 openmp 오류 관련  (0) 2017.10.27
[cheetah] raspa-2.0 설치 기록  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:16 나의일 관련/Linux

siesta-4.0 설치 기록

$ module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1
$ cd siesta-4.0
$ cd Obj
$ sh ../Src/obj_setup.sh
$ ../Src/configure --enable-mpi
$ vi arch.make

BLAS_LIBS=-mkl-sequential
LAPACK_LIBS=-mkl=sequential

BLACS_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a
SCALAPACK_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a
#COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a

NETCDF_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/applib1/NETCDF4/4.1.3/lib/libnetcdff.a

$ make


저작자표시

'나의일 관련 > Linux' 카테고리의 다른 글

Quantum Espresso 6.1 설치 기록  (0) 2017.10.27
[galaxy] fftw-3.3.4 설치 기록  (0) 2017.10.27
intel-2013 컴파일러로 fftw-2.1.5 설치 하는 경우 openmp 오류 관련  (0) 2017.10.27
[cheetah] raspa-2.0 설치 기록  (0) 2017.10.27
namd-2.12 설치 기록  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:16 나의일 관련/Linux

intel-2013 컴파일러로 fftw-2.1.5 설치 하는 경우 openmp 오류 관련

intel-2013 컴파일러 환경에서 fftw-2.1.5 버전 openmp 옵션을 활성화 해서 설치 하는 경우 

[오류내용]
checking how to enable OpenMP... unknown
configure: error: don't know how to enable OpenMP

[해결방법]
configure 파일 12433라인을 아래와 같이 수정
 
변경 전 : CFLAGS="$save_CFLAGS -mp"
변경 후 : CFLAGS="$save_CFLAGS -openmp"


저작자표시

'나의일 관련 > Linux' 카테고리의 다른 글

[galaxy] fftw-3.3.4 설치 기록  (0) 2017.10.27
siesta-4.0 설치 기록  (0) 2017.10.27
[cheetah] raspa-2.0 설치 기록  (0) 2017.10.27
namd-2.12 설치 기록  (0) 2017.10.27
namd-2.8 설치 기록  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:15 나의일 관련/Linux

[cheetah] raspa-2.0 설치 기록

[시스템정보]
OS : CentOS 5.3

[RASPA-2.0 환경 설정 및 설치]
$ mkdir -p m4
$ aclocal
$ autoreconf -i
$ automake --add-missing
$ autoconf
$ module load intel/intel-xe2013 intel/mkl-xe2013 
$ module load fftw/3.3.3/intel-xe2013/double
$ ./configure --prefix=/pwork01/p613lsy/cheetah/RASPA/2.0 \
 CC=icc CXX=icpc F77=ifort \
 CPPFLAGS="-I/opt/fftw/3.3.3/intel-xe2013/double/include" \
 LDFLAGS="-L/opt/fftw/3.3.3/intel-xe2013/double/lib" \
 LIBS="-lfftw3 -mkl=sequential"
$ make
$ make install


LAPACK 과 FFTW 가 포함되었는지 확인하는 방법은 아래와 같이 확인 가능 하다.

$ nm libraspa2.so | grep fftw
U fftw_execute
U fftw_malloc
U fftw_plan_dft_1d

$ nm libraspa2.so | grep dsyev
U dsyevd_
$ nm libraspa2.so | grep dsyevd
U dsyevd_
$ nm libraspa2.so | grep zgetri
U zgetri_
$ nm libraspa2.so | grep zgetrf
U zgetrf_


저작자표시

'나의일 관련 > Linux' 카테고리의 다른 글

siesta-4.0 설치 기록  (0) 2017.10.27
intel-2013 컴파일러로 fftw-2.1.5 설치 하는 경우 openmp 오류 관련  (0) 2017.10.27
namd-2.12 설치 기록  (0) 2017.10.27
namd-2.8 설치 기록  (0) 2017.10.27
siesta-4.1-b2 설치 기록  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:14 나의일 관련/Linux

namd-2.12 설치 기록

1. intel-2015 컴파일러 mvapich2-2.1 조합

module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1
tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz
cd NAMD_2.12_Source
tar xvf charm-6.7.1.tar 
cd charm-6.7.1
./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production
cd ..
vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
###########################
 - 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX
 - 변경 후 : FLOATOPTS = -ip
###########################
./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2015/mkl 
cd Linux-x86_64-icc
make

2. intel-2013 컴파일러 mvapich2-2.0 조합

module load compiler/intel-2013 mpi/mvapich2-2.0
tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz
cd NAMD_2.12_Source
tar xvf charm-6.7.1.tar 
cd charm-6.7.1
./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production
cd ..
vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
###########################
 - 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX
 - 변경 후 : FLOATOPTS = -ip
###########################
./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2013/mkl 
cd Linux-x86_64-icc
make


저작자표시

'나의일 관련 > Linux' 카테고리의 다른 글

intel-2013 컴파일러로 fftw-2.1.5 설치 하는 경우 openmp 오류 관련  (0) 2017.10.27
[cheetah] raspa-2.0 설치 기록  (0) 2017.10.27
namd-2.8 설치 기록  (0) 2017.10.27
siesta-4.1-b2 설치 기록  (0) 2017.10.27
cdo-1.5.6.1 설치 기록  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다
이전버튼 1 ··· 3 4 5 6 7 이전버튼
블로그 이미지
공부 기록
천연사이다

공지사항

Yesterday
Today
Total

달력

 « |  » 2025.2
일 월 화 수 목 금 토
1
2 3 4 5 6 7 8
9 10 11 12 13 14 15
16 17 18 19 20 21 22
23 24 25 26 27 28

최근에 올라온 글

최근에 달린 댓글

최근에 받은 트랙백

글 보관함

티스토리툴바