HPC 관련 내용 정리

GPFS 모니터링에 유용한 Text UI tool

Python3.2(https://www.python.org/download/releases/3.2) 에서 안정적으로 동작 하니 참고.

링크 : http://code.google.com/p/gcam/ 또는 https://github.com/impredicative/gcam

$ tar xvzf qe-6.1.tar.gz 

$ cd qe-6.1

$ unset LD_LIBRARY_PATH

$ module load  compiler/intel-2017  cuda/8.0 cudampi/mvapich2-2.2

$ export FC=mpif90 

$ export CC=mpicc 

$ export F77=mpif90 

$ export EXTLIB_FLAGS="-mkl=sequential"

$ export CFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ export FFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ export FCFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ ./configure --prefix=$HOME/applications/espresso/6.1/intel/2017/mvapich2/2.2 \

  --enable-parallel --with-scalapack=no \

  FFT_LIBS=/applic/compilers/intel/2017/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a

$ vi make.inc

$ make all

$ make install

[Edit the make.inc file]

IFLAGS = -I$(TOPDIR)/include -I../include/ -I/applic/compilers/intel/2017/mkl/include \

             -I/applic/compilers/intel/2017/mkl/include/fftw

각 OS별 공유라이브러리 선언 방법에 차이가 있어서 정리 한다.

AIX OS : LIBPATH

HP_UX OS : SHLIB_PATH

Solaris OS : LD_LIBRARY_PATH

LINUX계열 OS : LD_LIBRARY_PATH

down : http://www.antlr3.org/download/C/libantlr3c-3.2.tar.gz

$ tar xvzf libantlr3c-3.2.tar.gz

$ ./configure --prefix=/scratch/sunlsy/libantlr3c-3.2 --enable-64bit

$ make

$ make install

ANTLR3 의 최신 버전인 antlr3-3.5.1 에 들어있는 libantlr3c-3.4-beta3를 설치 할경우에는 

antlr3NewAsciiStringInPlaceStream 가 선언이 되어 있지 않아 오류가 발생 될수 있다.

(runtime/C/dist/libantlr3c-3.4-beta3.tar.gz )

( libantlr3c-3.4 에서도 선언되어 있지 않음. Desmond-3.4.0.2 설치 하려면 libantlr3c-3.2 를 설치해서 사용할것)

diffuse-1.3.4 에서는 configure 를 수정해야 설치가 가능

blas 와 lapack 라이브러리를 찾지 못하는 문제가 있음.

아래 방법으로 설치 진행 (gcc 사용의 경우)

$ vi configure

4192 라인: blas_result=no를 blas_result=yes로 수정

4209 라인: -lg2c를 -lgfortran으로 변경

4253 라인: lapack_result=no를  lapack_result=yes로 변경

$ ./configure --with-minc2 --prefix={설치경로} --with-build-path={기존 필요라이브러리 설치경로} \

CFLAGS='-g -O2 -fPIC' CPPFLAGS='-g -O2 -fPIC' CXXFLAGS='-g -O2 -fPIC'

$ make

$ make install