2017. 10. 27. 10:14 나의일 관련/Linux

namd-2.8 설치 기록

[시스템정보]
OS : CentOS 5.3
 
$ module load compiler/intel-2015  mpi/mvapich2-2.1 applic/fftw-2.1.5-single
$ tar xvf NAMD_2.8_Source.tar 
$ cd NAMD_2.8_Source
$ tar xvf charm-6.3.2.tar
$ cd charm-6.3.2
$ ./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --no-build-shared --with-production
$ cd ..
$ vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
#############################
[변경 전]
CXXOPTS = -i-static -O2 $(FLOATOPTS)
COPTS = -i-static -O2 $(FLOATOPTS)
[변경 후]
CXXOPTS = -static-intel -O2 $(FLOATOPTS)
COPTS = -static-intel -O2 $(FLOATOPTS)
#############################
  
$ vi arch/Linux-x86_64.fftw 
#############################
[변경 전]
FFTDIR=/Projects/namd2/fftw/linux-x86_64
FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lsrfftw -lsfftw
FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW
 
[변경 후]
FFTDIR=/applic/compilers/intel/2015/mpi/mvapich2/2.1/applib2/FFTW2/2.1.5/single
FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lrfftw -lfftw
FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW -DNAMD_FFTW_NO_TYPE_PREFIX
#############################
 
$ vi arch/Linux-x86_64.tcl
#############################
[변경 전]
TCLDIR=/Projects/namd2/tcl/linux-x86_64
TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.3 -ldl
 
[변경 후]
TCLDIR=/applic/common/TCL/8.5.9
TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.5 -ldl
#############################
 
$ ./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.3.2 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-fftw --fftw-prefix /applic/compilers/intel/2015/mpi/mvapich2/2.1/applib2/FFTW2/2.1.5/single
 
$ cd Linux-x86_64-icc
$ make


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:13 나의일 관련/Linux

siesta-4.1-b2 설치 기록

[설치 방법]
$ module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1
$ tar xvzf siesta-4.1-b2.tar.gz 
$ cd siesta-4.1-b2/Obj
$ sh ../Src/obj_setup.sh
$ cp DOCUMENTED-TEMPLATE.make arch.make 
$ vi arch.make 
##### edit the arch.make file #####
CC = icc
FPP = $(FC) -E -P 
FC_SERIAL = ifort
FFLAGS = -O2 -fPIC -shared-intel
LAPACK_LIBS = -mkl=sequential
BLACS_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a
SCALAPACK_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a
NETCDF_LIBS = /applic/compilers/intel/2015/applib1/NETCDF4/4.1.3/lib/libnetcdff.a
MPI_INTERFACE = libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE = .
LIBS = $(NETCDF_LIBS) $(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(MPI_LIBS) $(COMP_LIBS)
FPPFLAGS = -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
#################################################
$ make


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:10 나의일 관련/Linux

cdo-1.5.6.1 설치 기록

CDO download site : https://code.zmaw.de/projects/cdo


cdo-1.5.6.1 설치 Bug 관련

### 오류 내용  ###

pipe.c(174): error: incomplete type is not allowed

    struct timespec time_to_wait;


time_to_wait 오류는 CDO 1.5.4 이후에 발생


해결 방법 : src 폴더에 pipe.c 선언 수정

- 변경 전 : #include <time.h> 

- 변경 후 : #include <sys/time.h> 


# Tachyon 2차 설치 방법( intel 11.1 compiler, openmpi 1.4.2 MPI 사용의 경우)

$ ./configure --prefix={설치 경로} --with-netcdf=/applic/compilers/intel/11.1/applib1/NETCDF4 \

   --with-hdf5=/applic/compilers/intel/11.1/applib1/HDF5

$ make

$ make install



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