2017. 10. 27. 10:14 나의일 관련/Linux

namd-2.12 설치 기록

1. intel-2015 컴파일러 mvapich2-2.1 조합

module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1
tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz
cd NAMD_2.12_Source
tar xvf charm-6.7.1.tar 
cd charm-6.7.1
./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production
cd ..
vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
###########################
 - 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX
 - 변경 후 : FLOATOPTS = -ip
###########################
./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2015/mkl 
cd Linux-x86_64-icc
make

2. intel-2013 컴파일러 mvapich2-2.0 조합

module load compiler/intel-2013 mpi/mvapich2-2.0
tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz
cd NAMD_2.12_Source
tar xvf charm-6.7.1.tar 
cd charm-6.7.1
./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production
cd ..
vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
###########################
 - 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX
 - 변경 후 : FLOATOPTS = -ip
###########################
./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2013/mkl 
cd Linux-x86_64-icc
make


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:14 나의일 관련/Linux

namd-2.8 설치 기록

[시스템정보]
OS : CentOS 5.3
 
$ module load compiler/intel-2015  mpi/mvapich2-2.1 applic/fftw-2.1.5-single
$ tar xvf NAMD_2.8_Source.tar 
$ cd NAMD_2.8_Source
$ tar xvf charm-6.3.2.tar
$ cd charm-6.3.2
$ ./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --no-build-shared --with-production
$ cd ..
$ vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
#############################
[변경 전]
CXXOPTS = -i-static -O2 $(FLOATOPTS)
COPTS = -i-static -O2 $(FLOATOPTS)
[변경 후]
CXXOPTS = -static-intel -O2 $(FLOATOPTS)
COPTS = -static-intel -O2 $(FLOATOPTS)
#############################
  
$ vi arch/Linux-x86_64.fftw 
#############################
[변경 전]
FFTDIR=/Projects/namd2/fftw/linux-x86_64
FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lsrfftw -lsfftw
FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW
 
[변경 후]
FFTDIR=/applic/compilers/intel/2015/mpi/mvapich2/2.1/applib2/FFTW2/2.1.5/single
FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lrfftw -lfftw
FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW -DNAMD_FFTW_NO_TYPE_PREFIX
#############################
 
$ vi arch/Linux-x86_64.tcl
#############################
[변경 전]
TCLDIR=/Projects/namd2/tcl/linux-x86_64
TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.3 -ldl
 
[변경 후]
TCLDIR=/applic/common/TCL/8.5.9
TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.5 -ldl
#############################
 
$ ./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.3.2 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-fftw --fftw-prefix /applic/compilers/intel/2015/mpi/mvapich2/2.1/applib2/FFTW2/2.1.5/single
 
$ cd Linux-x86_64-icc
$ make


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2017. 10. 27. 10:13 나의일 관련/Linux

siesta-4.1-b2 설치 기록

[설치 방법]
$ module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1
$ tar xvzf siesta-4.1-b2.tar.gz 
$ cd siesta-4.1-b2/Obj
$ sh ../Src/obj_setup.sh
$ cp DOCUMENTED-TEMPLATE.make arch.make 
$ vi arch.make 
##### edit the arch.make file #####
CC = icc
FPP = $(FC) -E -P 
FC_SERIAL = ifort
FFLAGS = -O2 -fPIC -shared-intel
LAPACK_LIBS = -mkl=sequential
BLACS_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a
SCALAPACK_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a
NETCDF_LIBS = /applic/compilers/intel/2015/applib1/NETCDF4/4.1.3/lib/libnetcdff.a
MPI_INTERFACE = libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE = .
LIBS = $(NETCDF_LIBS) $(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(MPI_LIBS) $(COMP_LIBS)
FPPFLAGS = -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
#################################################
$ make


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