2020. 1. 21. 10:51 나의일 관련/Linux
R BiocManager 사용 방법 정리
BiocManager 를 사용 하는 방법에 대하여 정리 합니다.
우선 wget 명령을 이용하여 "https://cran.r-project.org" 사이트에서 소스를 다운 받고,
R CMD INSTALL "패키지" 의 방법으로 BiocManager 를 설치합니다.
$ wget https://cran.r-project.org/src/contrib/BiocManager_1.30.10.tar.gz $ R CMD INSTALL BiocManager_1.30.10.tar.gz |
(1) 설치 된 BiocManager 버전 확인
$ R > BiocManager::version() [1] ‘3.10’ > |
(2) 사용할 수 있는 패키지 목록 조회
- BiocManager::available("패키지명")
- 아래는 "BSgenome.Hsapiens" 패키지 목록을 조회한 예제 입니다.
> BiocManager::available("BSgenome.Hsapiens") [1] "BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5" [2] "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38" [3] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17" [4] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17.masked" [5] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18" [6] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked" [7] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" [8] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked" [9] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38" [10] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked" > |
(3) 패키지 명 으로 설치 하는 방법
> BiocManager::install("stringr") |
(4) 패키지의 버전을 지정해서 설치하는 방법
> BiocManager::install("stringr", version = "3.8") |
- 참고 : https://cran.r-project.org/web/packages/BiocManager/vignettes/BiocManager.html
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