HPC 관련 내용 정리

 CFLAGS=-g -O3 -Wall

 LDFLAGS=-lncurses -lm -lnvidia-ml

 FILE=lmon_sylee.c

 nmon_sylee: $(FILE)

      gcc -o nmon_sylee $(FILE) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -D X86 -D RHEL7 -D NVIDIA_GPU

Commands:

        raw           Send a RAW IPMI request and print response

        i2c           Send an I2C Master Write-Read command and print response

        spd           Print SPD info from remote I2C device

        lan           Configure LAN Channels

        chassis       Get chassis status and set power state

        power         Shortcut to chassis power commands

        event         Send pre-defined events to MC

        mc            Management Controller status and global enables

        sdr           Print Sensor Data Repository entries and readings

        sensor        Print detailed sensor information

        fru           Print built-in FRU and scan SDR for FRU locators

        gendev        Read/Write Device associated with Generic Device locators sdr

        sel           Print System Event Log (SEL)

        pef           Configure Platform Event Filtering (PEF)

        sol           Configure and connect IPMIv2.0 Serial-over-LAN

        tsol          Configure and connect with Tyan IPMIv1.5 Serial-over-LAN

        isol          Configure IPMIv1.5 Serial-over-LAN

        user          Configure Management Controller users

        channel       Configure Management Controller channels

        session       Print session information

        dcmi          Data Center Management Interface

        nm            Node Manager Interface

        sunoem        OEM Commands for Sun servers

        kontronoem    OEM Commands for Kontron devices

        picmg         Run a PICMG/ATCA extended cmd

        fwum          Update IPMC using Kontron OEM Firmware Update Manager

        firewall      Configure Firmware Firewall

        delloem       OEM Commands for Dell systems

        shell         Launch interactive IPMI shell

        exec          Run list of commands from file

        set           Set runtime variable for shell and exec

        hpm           Update HPM components using PICMG HPM.1 file

        ekanalyzer    run FRU-Ekeying analyzer using FRU files

        ime           Update Intel Manageability Engine Firmware

        vita          Run a VITA 46.11 extended cmd

        lan6          Configure IPv6 LAN Channels 

# ipmitool lan

LAN Commands:

                   print [<channel number>]

                   set <channel number> <command> <parameter>

                   alert print <channel number> <alert destination>

                   alert set <channel number> <alert destination> <command> <parameter>

                   stats get [<channel number>]

                   stats clear [<channel number>] 

 # ipmitool lan print 1

 Set in Progress         : Set Complete

 Auth Type Support       : MD2 MD5 PASSWORD OEM

 Auth Type Enable        : Callback : MD2 MD5 PASSWORD OEM

                         : User     : MD2 MD5 PASSWORD OEM

                         : Operator : MD2 MD5 PASSWORD OEM

                         : Admin    : MD2 MD5 PASSWORD OEM

                         : OEM      : MD2 MD5 PASSWORD OEM

 IP Address Source       : DHCP Address

 IP Address              : 0.0.0.0

 Subnet Mask             : 0.0.0.0 

 MAC Address             : {생략}

 SNMP Community String   : AMI

 IP Header               : TTL=0x40 Flags=0x40 Precedence=0x00 TOS=0x10

 BMC ARP Control         : ARP Responses Enabled, Gratuitous ARP Disabled

 Gratituous ARP Intrvl   : 0.0 seconds

 Default Gateway IP      : 0.0.0.0

 Default Gateway MAC     : 00:00:00:00:00:00

 Backup Gateway IP       : 0.0.0.0

 Backup Gateway MAC      : 00:00:00:00:00:00

 802.1q VLAN ID          : Disabled

 802.1q VLAN Priority    : 0

 RMCP+ Cipher Suites     : 0,1,2,3,6,7,8,11,12,15,16,17

 Cipher Suite Priv Max   : XaaaXXaaaXXaaXX

                         :     X=Cipher Suite Unused

                         :     c=CALLBACK

                         :     u=USER

                         :     o=OPERATOR

                         :     a=ADMIN

                         :     O=OEM

 Bad Password Threshold  : 0

 Invalid password disable: no

 Attempt Count Reset Int.: 0

 User Lockout Interval   : 0

 # ipmitool lan  set 1 ipsrc static                    # IP 고정값 사용 

 # ipmitool lan set 1 ipaddr 192.168.15.2         #  IP 부여

  Setting LAN IP Address to 192.168.15.2         # IP 설정 결과 출력

 # ipmitool lan set 1 netmask 255.255.255.0     # netmask 설정

  Setting LAN Subnet Mask to 255.255.255.0    # netmask 설정 결과 출력

 # ipmitool sel time get

 # ipmitool sel time set now 

 # ipmitool mc reset cold

 biopython

 cffi

 h5py==2.7.1

 intervaltree

 tensorflow==1.14.0

 numpy==1.16.1

 mappy

 parasail

 pysam==0.15.2

 whatshap==0.18

 # conda create -n medaka_cpu

 # source activate medaka_cpu

 # conda install -c bioconda medaka

 # conda install -c bioconda racon canu wtdbg

 # conda create -n medaka_gpu

 # source activate medaka_gpu

 # conda install -c anaconda -c bioconda -c bioconda-legacy biopython mappy \

  parasail-python intervaltree cffi h5py==2.7.1 tensorflow-gpu==1.14.0 \

  numpy==1.16.1 pysam==0.15.2 whatshap==0.18 cudatoolkit=9.2

 # conda install -c bioconda medaka racon canu wtdbg

 # tar -xzf medaka_walkthrough_no_reads.tar.gz

 # cd data

 # medaka_consensus -d draft_assm.fa -i basecalls.fa -t 8 -b 100

Thu Oct 31 11:10:12 2019

+-----------------------------------------------------------------------------+

| NVIDIA-SMI 418.88       Driver Version: 418.88       CUDA Version: 10.1     |

|-------------------------------+----------------------+----------------------+

| GPU  Name        Persistence-M| Bus-Id        Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |

| Fan  Temp  Perf  Pwr:Usage/Cap|         Memory-Usage | GPU-Util  Compute M. |

|===============================+=====================|

|   0  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:04:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   34C    P2    73W / 250W |  10897MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   1  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:06:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   34C    P2    56W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   2  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:07:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   30C    P2    56W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   3  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:08:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   34C    P2    56W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   4  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:0C:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   31C    P2    55W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   5  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:0D:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   27C    P2    55W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   6  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:0E:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   28C    P2    55W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

|   7  GeForce GTX 108...  Off  | 00000000:0F:00.0 Off |                  N/A |

| 23%   31C    P2    56W / 250W |    147MiB / 11178MiB |      0%      Default |

+-------------------------------+----------------------+----------------------+

+-----------------------------------------------------------------------------+

| Processes:                                                       GPU Memory |

|  GPU       PID   Type   Process name                             Usage      |

|===============================+=====================|

|    0     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python 10887MiB |

|    1     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    2     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    3     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    4     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    5     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    6     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

|    7     15250      C   ...2/miniconda3/envs/medaka_gpu/bin/python   137MiB |

+-----------------------------------------------------------------------------+ 

 $ conda install "cython>=0.25.2" "ont-fast5-api==1.2.0" \

  "matplotlib>=2.0.0" "pep8==1.7.0" "autopep8==1.2.4" \

  "ipython==6.1.0" "pytest==3.1.2" \

  "parameterized==0.6.1" "pytest-xdist==1.15.0"

 $ conda install salmon  

 $ git clone https://github.com/nanoporetech/taiyaki.git

 $ cd taiyaki

 $ python setup.py build

 $ python setup.py install

 $ conda install -c bioconda bwapy

 $ conda install -c bioconda pychopper

 $ conda install -c bioconda pomoxis

 $ git clone https://github.com/snakemake/snakemake.git

 $ cd snakemake

 $ python setup.py build

 $ python setup.py install

 $ conda install -c bioconda ont-tombo

 $ conda install -c bioconda qcat

 $ conda install -c bioconda wub

 $ conda install -c bioconda gtfparse

 $ conda install -c bioconda fastqc

 $ git clone https://github.com/nanoporetech/megalodon.git

 $ cd megalodon

 $ python setup.py build

 $ python setup.py install

 $ conda install -c bioconda mako

 $ conda install -c bioconda drmaa gpustat

 $ git clone https://github.com/nanoporetech/katuali.git

 $ cd katuali

 $ python setup.py build

 $ python setup.py install

 $ pip install ont-h5-validator