2017. 10. 31. 10:22 나의일 관련/Linux

CUDA SDK 8.0 관련 이슈 기록

CUDA SDK 8.0 버전이 icc 17.0 버전 이상을 인식하지 못하는 문제가 있어 수정 기록

- 수정 파일 : /usr/local/cuda-8.0/include/host_config.h (기본 CUDA SDK 설치 경로를 사용한 경우)

- 참고 : http://archive.ambermd.org/201707/0114.html

[수정 전]

 #if (__ICC != 1500 && __ICC != 1600) || !defined(__GNUC__) || 

!defined(__LP64__) 

[수정 후]

#if (__ICC != 1600 && __ICC != 1700) || !defined(__GNUC__) || 

!defined(__LP64__) 


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 16:29 나의일 관련/클러스터관리툴

redhat 계열 repo 파일 생성

/etc/yum.repos.d 경로에 파일명.repo 와 같이 repo 확장자로 파일 생성

 

[local]

name=local packages

baseurl=file:///mnt

enabled=1

gpgcheck=0


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 16:12 나의일 관련/Linux

MPI hello world 예제(Fortran언어)

시스템 상태 체크 시 사용하는 MPI 코드


       program main

      use mpi

      implicit none


      integer :: provided, ierr, size, rank, len

      character (len=MPI_MAX_PROCESSOR_NAME) :: name

      call MPI_Init_thread(MPI_THREAD_MULTIPLE, provided, ierr)


      call MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, rank, ierr)

      call MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, size, ierr)

      call MPI_Get_processor_name(name, len, ierr)


      write(*, '(2A,I2,A,I2,3A)') &

           'Hello, World! ', &

           'I am process ', rank, &

           ' of ', size, &

           ' on ', name(1:len), '.'


      call MPI_Finalize(ierr)

      end program main


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 16:10 나의일 관련/Linux

MPI hello world 예제(C언어)

시스템 상태 체크 시 사용하는 MPI 코드 


#include <stdio.h>

#include <mpi.h>


void main(int argc, char *argv[]){

    int rank,size,len;

    char name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];


    MPI_Init(&argc, &argv);

    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);

    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);

    MPI_Get_processor_name(name, &len);

    printf("Hello, World! I am process %d of size %d on %s \n",rank, size, name );


    MPI_Finalize();


} 


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 11:18 나의일 관련/UNIX

기준시간 이후 파일 검색

** Unix 에서 기준 시간 이후 파일만 검색 할때 **


1. touch 를 이용하여 기준시간 파일을 작성


$ touch -t 201206010000 timeline.txt

설명 : timeline.txt 파일을 2012년 6월 1일 00시 날짜로 생성


2. find 를 이용하여 기준시간 이후 파일들만 검색


$ find . -type f -newer timeline.txt

설명 : 현재 폴더기준으로 timeline.txt 파일 이후에 생성된 파일 목록을 출력


$ find . -type f -newer timeline.txt | xargs -i cp -p {} /tmp/test_temp

설명 : 현재 폴더기준으로 timeline.txt 파일 이후에 생성된 파일 목록을 입력으로 받아서

         /tmp/test_temp 폴더로 복사

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gcam(GPFS Current Activity Monitor)  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 11:17 나의일 관련/UNIX

gcam(GPFS Current Activity Monitor)

GPFS 모니터링에 유용한 Text UI tool


Python3.2(https://www.python.org/download/releases/3.2) 에서 안정적으로 동작 하니 참고.


링크 : http://code.google.com/p/gcam/ 또는 https://github.com/impredicative/gcam



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기준시간 이후 파일 검색  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:58 나의일 관련/Linux

Quantum Espresso 6.1 설치 기록

$ tar xvzf qe-6.1.tar.gz 

$ cd qe-6.1

$ unset LD_LIBRARY_PATH

$ module load  compiler/intel-2017  cuda/8.0 cudampi/mvapich2-2.2

$ export FC=mpif90 

$ export CC=mpicc 

$ export F77=mpif90 

$ export EXTLIB_FLAGS="-mkl=sequential"

$ export CFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ export FFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ export FCFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ ./configure --prefix=$HOME/applications/espresso/6.1/intel/2017/mvapich2/2.2 \

  --enable-parallel --with-scalapack=no \

  FFT_LIBS=/applic/compilers/intel/2017/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a

$ vi make.inc

$ make all

$ make install


[Edit the make.inc file]

IFLAGS = -I$(TOPDIR)/include -I../include/ -I/applic/compilers/intel/2017/mkl/include \

             -I/applic/compilers/intel/2017/mkl/include/fftw

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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:14 나의일 관련/Linux

namd-2.12 설치 기록

1. intel-2015 컴파일러 mvapich2-2.1 조합

module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1
tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz
cd NAMD_2.12_Source
tar xvf charm-6.7.1.tar 
cd charm-6.7.1
./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production
cd ..
vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
###########################
 - 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX
 - 변경 후 : FLOATOPTS = -ip
###########################
./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2015/mkl 
cd Linux-x86_64-icc
make

2. intel-2013 컴파일러 mvapich2-2.0 조합

module load compiler/intel-2013 mpi/mvapich2-2.0
tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz
cd NAMD_2.12_Source
tar xvf charm-6.7.1.tar 
cd charm-6.7.1
./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production
cd ..
vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
###########################
 - 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX
 - 변경 후 : FLOATOPTS = -ip
###########################
./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2013/mkl 
cd Linux-x86_64-icc
make


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:14 나의일 관련/Linux

namd-2.8 설치 기록

[시스템정보]
OS : CentOS 5.3
 
$ module load compiler/intel-2015  mpi/mvapich2-2.1 applic/fftw-2.1.5-single
$ tar xvf NAMD_2.8_Source.tar 
$ cd NAMD_2.8_Source
$ tar xvf charm-6.3.2.tar
$ cd charm-6.3.2
$ ./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --no-build-shared --with-production
$ cd ..
$ vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
#############################
[변경 전]
CXXOPTS = -i-static -O2 $(FLOATOPTS)
COPTS = -i-static -O2 $(FLOATOPTS)
[변경 후]
CXXOPTS = -static-intel -O2 $(FLOATOPTS)
COPTS = -static-intel -O2 $(FLOATOPTS)
#############################
  
$ vi arch/Linux-x86_64.fftw 
#############################
[변경 전]
FFTDIR=/Projects/namd2/fftw/linux-x86_64
FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lsrfftw -lsfftw
FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW
 
[변경 후]
FFTDIR=/applic/compilers/intel/2015/mpi/mvapich2/2.1/applib2/FFTW2/2.1.5/single
FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lrfftw -lfftw
FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW -DNAMD_FFTW_NO_TYPE_PREFIX
#############################
 
$ vi arch/Linux-x86_64.tcl
#############################
[변경 전]
TCLDIR=/Projects/namd2/tcl/linux-x86_64
TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.3 -ldl
 
[변경 후]
TCLDIR=/applic/common/TCL/8.5.9
TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.5 -ldl
#############################
 
$ ./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.3.2 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-fftw --fftw-prefix /applic/compilers/intel/2015/mpi/mvapich2/2.1/applib2/FFTW2/2.1.5/single
 
$ cd Linux-x86_64-icc
$ make


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:10 나의일 관련/Linux

cdo-1.5.6.1 설치 기록

CDO download site : https://code.zmaw.de/projects/cdo


cdo-1.5.6.1 설치 Bug 관련

### 오류 내용  ###

pipe.c(174): error: incomplete type is not allowed

    struct timespec time_to_wait;


time_to_wait 오류는 CDO 1.5.4 이후에 발생


해결 방법 : src 폴더에 pipe.c 선언 수정

- 변경 전 : #include <time.h> 

- 변경 후 : #include <sys/time.h> 


# Tachyon 2차 설치 방법( intel 11.1 compiler, openmpi 1.4.2 MPI 사용의 경우)

$ ./configure --prefix={설치 경로} --with-netcdf=/applic/compilers/intel/11.1/applib1/NETCDF4 \

   --with-hdf5=/applic/compilers/intel/11.1/applib1/HDF5

$ make

$ make install



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