2017. 10. 27. 16:10 나의일 관련/Linux

MPI hello world 예제(C언어)

시스템 상태 체크 시 사용하는 MPI 코드 


#include <stdio.h>

#include <mpi.h>


void main(int argc, char *argv[]){

    int rank,size,len;

    char name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];


    MPI_Init(&argc, &argv);

    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);

    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);

    MPI_Get_processor_name(name, &len);

    printf("Hello, World! I am process %d of size %d on %s \n",rank, size, name );


    MPI_Finalize();


} 


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 11:20 나의일 관련/MSWindows

Windows sever 에서 자주 쓰는 명령

mstsc : 원격 데스크탑 연결

service.msc : 서비스 리스트

dsa.msc :  user 관리

dcpromo : AD 생성

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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 11:18 나의일 관련/UNIX

기준시간 이후 파일 검색

** Unix 에서 기준 시간 이후 파일만 검색 할때 **


1. touch 를 이용하여 기준시간 파일을 작성


$ touch -t 201206010000 timeline.txt

설명 : timeline.txt 파일을 2012년 6월 1일 00시 날짜로 생성


2. find 를 이용하여 기준시간 이후 파일들만 검색


$ find . -type f -newer timeline.txt

설명 : 현재 폴더기준으로 timeline.txt 파일 이후에 생성된 파일 목록을 출력


$ find . -type f -newer timeline.txt | xargs -i cp -p {} /tmp/test_temp

설명 : 현재 폴더기준으로 timeline.txt 파일 이후에 생성된 파일 목록을 입력으로 받아서

         /tmp/test_temp 폴더로 복사

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gcam(GPFS Current Activity Monitor)  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 11:17 나의일 관련/UNIX

gcam(GPFS Current Activity Monitor)

GPFS 모니터링에 유용한 Text UI tool


Python3.2(https://www.python.org/download/releases/3.2) 에서 안정적으로 동작 하니 참고.


링크 : http://code.google.com/p/gcam/ 또는 https://github.com/impredicative/gcam



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기준시간 이후 파일 검색  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:58 나의일 관련/Linux

Quantum Espresso 6.1 설치 기록

$ tar xvzf qe-6.1.tar.gz 

$ cd qe-6.1

$ unset LD_LIBRARY_PATH

$ module load  compiler/intel-2017  cuda/8.0 cudampi/mvapich2-2.2

$ export FC=mpif90 

$ export CC=mpicc 

$ export F77=mpif90 

$ export EXTLIB_FLAGS="-mkl=sequential"

$ export CFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ export FFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ export FCFLAGS="-O3 -ip -ftz -xAVX -fPIC -shared-intel"

$ ./configure --prefix=$HOME/applications/espresso/6.1/intel/2017/mvapich2/2.2 \

  --enable-parallel --with-scalapack=no \

  FFT_LIBS=/applic/compilers/intel/2017/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a

$ vi make.inc

$ make all

$ make install


[Edit the make.inc file]

IFLAGS = -I$(TOPDIR)/include -I../include/ -I/applic/compilers/intel/2017/mkl/include \

             -I/applic/compilers/intel/2017/mkl/include/fftw

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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:17 나의일 관련/Linux

[galaxy] fftw-3.3.4 설치 기록

[시스템 정보]
OS : CentOS 6.4

[환경 설정]
$ module load compilers/intel-13.1.117  mpi/intel/openmpi-1.8.8

[FFTW3 double]
$ export CXX=mpicxx
$ export CC=mpicc
$ export F77=mpif90
$ export FC=mpif90
$ export F90=mpif90
$ export CFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FCFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export CXXFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ ./configure --prefix=$HOME/galaxy/FFTW/3.3.4/double  \
--enable-mpi --enable-openmp --enable-threads --enable-shared
$ make
$ make install

[FFTW3 single]
$ export CXX=mpicxx
$ export CC=mpicc
$ export F77=mpif90
$ export FC=mpif90
$ export F90=mpif90
$ export CFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FCFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export CXXFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ ./configure --prefix=$HOME/galaxy/FFTW/3.3.4/single  \
--enable-mpi --enable-openmp --enable-threads --enable-shared --enable-float
$ make
$ make install


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:16 나의일 관련/Linux

siesta-4.0 설치 기록

$ module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1
$ cd siesta-4.0
$ cd Obj
$ sh ../Src/obj_setup.sh
$ ../Src/configure --enable-mpi
$ vi arch.make

BLAS_LIBS=-mkl-sequential
LAPACK_LIBS=-mkl=sequential

BLACS_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a
SCALAPACK_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a
#COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a

NETCDF_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/applib1/NETCDF4/4.1.3/lib/libnetcdff.a

$ make


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:16 나의일 관련/Linux

intel-2013 컴파일러로 fftw-2.1.5 설치 하는 경우 openmp 오류 관련

intel-2013 컴파일러 환경에서 fftw-2.1.5 버전 openmp 옵션을 활성화 해서 설치 하는 경우 

[오류내용]
checking how to enable OpenMP... unknown
configure: error: don't know how to enable OpenMP

[해결방법]
configure 파일 12433라인을 아래와 같이 수정
 
변경 전 : CFLAGS="$save_CFLAGS -mp"
변경 후 : CFLAGS="$save_CFLAGS -openmp"


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:15 나의일 관련/Linux

[cheetah] raspa-2.0 설치 기록

[시스템정보]
OS : CentOS 5.3

[RASPA-2.0 환경 설정 및 설치]
$ mkdir -p m4
$ aclocal
$ autoreconf -i
$ automake --add-missing
$ autoconf
$ module load intel/intel-xe2013 intel/mkl-xe2013 
$ module load fftw/3.3.3/intel-xe2013/double
$ ./configure --prefix=/pwork01/p613lsy/cheetah/RASPA/2.0 \
 CC=icc CXX=icpc F77=ifort \
 CPPFLAGS="-I/opt/fftw/3.3.3/intel-xe2013/double/include" \
 LDFLAGS="-L/opt/fftw/3.3.3/intel-xe2013/double/lib" \
 LIBS="-lfftw3 -mkl=sequential"
$ make
$ make install


LAPACK 과 FFTW 가 포함되었는지 확인하는 방법은 아래와 같이 확인 가능 하다.

$ nm libraspa2.so | grep fftw
U fftw_execute
U fftw_malloc
U fftw_plan_dft_1d

$ nm libraspa2.so | grep dsyev
U dsyevd_
$ nm libraspa2.so | grep dsyevd
U dsyevd_
$ nm libraspa2.so | grep zgetri
U zgetri_
$ nm libraspa2.so | grep zgetrf
U zgetrf_


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Posted by 천연사이다

2017. 10. 27. 10:14 나의일 관련/Linux

namd-2.12 설치 기록

1. intel-2015 컴파일러 mvapich2-2.1 조합

module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1
tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz
cd NAMD_2.12_Source
tar xvf charm-6.7.1.tar 
cd charm-6.7.1
./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production
cd ..
vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
###########################
 - 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX
 - 변경 후 : FLOATOPTS = -ip
###########################
./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2015/mkl 
cd Linux-x86_64-icc
make

2. intel-2013 컴파일러 mvapich2-2.0 조합

module load compiler/intel-2013 mpi/mvapich2-2.0
tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz
cd NAMD_2.12_Source
tar xvf charm-6.7.1.tar 
cd charm-6.7.1
./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production
cd ..
vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
###########################
 - 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX
 - 변경 후 : FLOATOPTS = -ip
###########################
./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2013/mkl 
cd Linux-x86_64-icc
make


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cdo-1.5.6.1 설치 기록  (0) 2017.10.27
Posted by 천연사이다
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